「ifconfig」は SIOCGIFCONF に依存して Linux マシンの IP アドレスを列挙しますが、NETLINK プロトコルに依存する「ip addr show」の出力とは異なる IPv6 アドレスのセットを返すようです。
「ifconfig」の開発は 2001 年以降凍結されているようですが、NETLINK は Linux での一般的な IP アドレス管理用の新しいプロトコルのようです。
問題は、SIOCGIFCONF ioctl が NETLINK プロトコルと比較して IPv6 アドレスに対して異なる結果を返す原因となる Linux カーネルの違いはありますか?