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GEOqueryは、 NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）データベースに保存されている遺伝子発現データを取得および分析するための優れたRパッケージです。GEOデータベースのGEO2Rサービスから提供される次のコード（目的のデータを自動的に分析するための初期Rスクリプトを生成する）を使用して、いくつかのGEOシリーズの実験を抽出しました。

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL1261", attr(gset, "names")) else idx <- 1
    gset <- gset[[idx]]
gset # displays a summary of the data stored in this variable

問題は、そこからサンプルタイトルを取得できないことです。Columns()GDSデータセットで機能し、サンプル名を返す関数を見つけましたが、GSEでは機能しません。

サンプルのアクセッションID（GSM258609 GSM258610など）には興味がないことに注意してください。必要なのは、人間が読める形式のタイトルのサンプルです。

何かアイデアはありますか？ありがとう

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後

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)

gsetは単純なリストであり、最初の要素はExpressionSetであり、サンプル情報はまたはであるphenoDataためpData、探している可能性があります

pData(gset[[1]])

詳細については、を参照?ExpressionSetしてください。

于 2013-01-10T23:05:34.377 に答える