チェックボックスが選択されていない場合でも、値が返されます。Ajax リクエストを介してフォームを渡し、戻り値を出力していますが、チェックされているかチェックされていない同じ結果です。Issetも正しく機能していません。
<input type="checkbox" value="Agree" id="siteAgreement">
if(!isset($siteAgreement) || !$siteAgreement || $siteAgreement != "Agree"){
//////Unchecked
}