これは古い質問ですが、残念ながら唯一の回答は間違っていました。
Chrome で HTML5 を使用してファイルを読み書きすることは間違いなく可能です。漠然とした「セキュリティ」の問題は言及されていません。HTML5 ファイルシステムは、仮想ファイルの書き込みと読み取りを行う保護されたサンドボックスを作成します。これは、Chrome によって管理されるファイル ベースのデータベースに書き込まれ、他の Chrome アプリや拡張機能、または他の OS ベースのアプリケーションからはアクセスできないファイルと考えることができます。これらのファイルは Web ブラウザーのファイル DB 内に存在するため、ユーザーは OS ファイル エクスプローラーを使用してこれらのファイルをコピーまたは移動することはできません。
特定のファイル パスに基づいて、ディスクから (ディスクに) 任意のファイルを読み取る (または書き込む) ことはできません。ディスクからファイルが必要な場合は、chrome.fileSystem.chooseEntry() を使用して、ユーザーが自分でファイルを選択できるようにするだけです。
ただし、HTML5 ファイルシステムから (へ) 独自のファイルを読み取る (および書き込む) ことはできます。
あなたの質問に答えるために:いいえ、構成ファイルをブラウザのファイルシステムに書き込むためにユーザーの操作は必要ありません。ファイルの代わりに、(永続化された) 構成のキーと値のペアを格納するための chrome storage、localstorage、または indexedDB を使用することもできます。
これについて読み始めるのに役立つリンクがいくつかあります。
HTML5 ファイルシステムをいじる
HTML5 ロックス
HTML5 デモ