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私はPCAを行っており、Rで最初の主成分と2番目の主成分をプロットしたいと思います:

pca<-princomp(~.,data=data, na.action=na.omit
plot(pca$scores[,1],pca$scores[,2])

または、いくつかの主成分:

pairs(pca$scores[,1:4])

ただし、ポイントは黒です。グラフに適切に色を追加するにはどうすればよいですか? 何色必要ですか？プロットしている主成分ごとに 1 つ? または、データ マトリックスの各行に 1 つですか?

ありがとう

編集：

私のデータは次のようになります。

> data[1:4,1:4]
                          patient1                     patient2                     patient3                     patient4
2'-PDE                    0.0153750                    0.4669375                   -0.0295625                    0.7919375
7A5                       2.4105000                    0.3635000                    1.8550000                    1.4080000
A1BG                      0.9493333                    0.2798333                    0.7486667                    0.7500000
A2M                       0.2420000                    1.0385000                    1.1605000                    1.6777500

したがって、これは適切でしょうか：

plot(pca$scores[,1:4], pch=20, col=rainbow(dim(data)[1]))
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以下は、PCA のプロットの例です。ここから撮影。

z1 <- rnorm(10000, mean=1, sd=1); z2 <- rnorm(10000, mean=3, sd=3); z3 <- rnorm(10000, mean=5, sd=5); z4 <- rnorm(10000, mean=7, sd=7); z5 <- rnorm(10000, mean=9, sd=9); mydata <- matrix(c(z1, z2, z3, z4, z5), 2500, 20, byrow=T, dimnames=list(paste("R", 1:2500, sep=""), paste("C", 1:20, sep=""))) 

summary(pca) 
summary(pca)$importance[, 1:6] 

x11(height=6, width=12, pointsize=12); par(mfrow=c(1,2)) 

mycolors <- c("red", "green", "blue", "magenta", "black") # Define plotting colors. plot(pca$x, pch=20, col=mycolors[sort(rep(1:5, 500))]) 

plot(pca$x, type="n"); text(pca$x, rownames(pca$x), cex=0.8, col=mycolors[sort(rep(1:5, 500))])

ペアで使えます

pairs(pca$x[,1:5], col = mycolors)

最初の 2 つの主成分と、pca$rotation に格納されている対応する固有ベクトルの散布図をプロットします。

library(scatterplot3d) 
scatterplot3d(pca$x[,1:3], pch=20, color=mycolors[sort(rep(1:5, 500))])

上記と同じですが、最初の 3 つの主成分を 3D 散布図にプロットします。

library(rgl); rgl.open(); offset <- 50; par3d(windowRect=c(offset, offset, 640+offset, 640+offset)); rm(offset); rgl.clear(); rgl.viewpoint(theta=45, phi=30, fov=60, zoom=1); spheres3d(pca$x[,1], pca$x[,2], pca$x[,3], radius=0.3, color=mycolors, alpha=1, shininess=20); aspect3d(1, 1, 1); axes3d(col='black'); title3d("", "", "PC1", "PC2", "PC3", col='black'); bg3d("

後者は、Open GL を使用してインタラクティブな 3D 散布図を作成します。これには rgl ライブラリをインストールする必要があります。グラフのスナップショットを保存するには、コマンド rgl.snapshot("test.png") を使用できます。

require(GGally)
ggpairs(pca$x[,1:5])
于 2013-12-20T02:56:32.100 に答える