document.body.getBoundingClientRect().top;スタイルがまったくない単純なサイトでFirefox バージョン 17.0.1 を要求すると、間違った値が返されます。8ブラウザのデフォルトであると思いますが、 21.4. ただし、.leftオフセットは正しいです。
Chrome では、オフセットは正常に機能8し、上と左の両方で表示されます。
トップがいけないことがわかる状況のスクリーンショットを添付しました22.4.
ここにHTMLがあります
<html><head>
<title>Index</title>
<style type="text/css"></style></head>
<body>
    <div>
        <h1>Index</h1>
        <p>This is the index. The site contains in total 4 sites without
            any Javascript. They are linked using href links.</p>
        <p>The site looks like this:</p>
        <ul>
            <li>Index ->; a</li>
            <li>Index ->; b</li>
            <li>b ->; c</li>
            <li>c ->; b</li>
            <li>c ->; Index</li>
        </ul>
    </div>
    <a href="a.html">Go to A</a>
    <a href="b.html">Go to B</a>
</body></html>