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範囲をループして、1 つの主成分と他の主成分のすべての数値を重複せず、同一対同一なしで保存するスクリプトを作成しようとしています。たとえば、対称行列 3 x 3 を生成すると、次のようになります。 3 つの意味のある図: fig_1_2、fig_1_3、fig_2_3。私はそのバグのある解決策を持ってきました

#!/usr/env python
import mdp
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
#
set1 = 'set1_smthing.txt'
set2 = 'set2_smthing.txt'
set3 = 'set3_smthing.txt'
bname = set1.split(".")[0].split("_")[0]
set1d = np.loadtxt(set1, delimiter=',')
set2d = np.loadtxt(set2, delimiter=',')
set3d = np.loadtxt(fchembl, delimiter=',')
set_comb = np.vstack([set1d,set2d,set3d])
# performing PCA with MDP
set_comb_pca = mdp.pca(set_comb,svd=True)
pcan = mdp.nodes.PCANode(output_dim=3)
pcar = pcan.execute(set_comb)
# graph the results - lower triangle
for i in range(1,6):
    for j in range(1,6):
            if i != j and i < j:
                fig = plt.figure()                                              
                ax = fig.add_subplot(111)
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), i], pcar[(len(set1d)+1):(len(set1d)+len(set2d)), j], marker='.', color='grey',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, i], pcar[(len(set1d)+len(set2d)):, j], marker='.', color='blue',linestyle="None")
                ax.plot(pcar[1:len(set1d),i], pcar[1:len(set1d), j], marker='.', color='red',linestyle="None")
                # labels and title
                ax.set_xlabel('PC' + str(i) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[i]))
                ax.set_ylabel('PC' + str(j) + '(%.3f%%)' % (pcan.d[j]))             
                plt.title(gname)                
                gname = bname + "_pc" + str(i) + "_vs_" + "pc" + str(j)             
                plt.title(bname)
                # saving image
                fig.savefig(gname + ".png")
                plt.close(fig)

スクリプトは、PC1 対 PC2 の図を 1 つだけ作成して終了します。私のバグが列挙されているようです。修正を提案してもらえますか？私はそれを次のようにテストしました: print gname - すべて問題ありません。バグのあるスクリプトの出力は次のとおりです。

<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0x11814610>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7710>]
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0xd2d7bd0>]
<matplotlib.text.Text object at 0x11812690>
<matplotlib.text.Text object at 0x11814d10>
<matplotlib.text.Text object at 0x11817e10>
<matplotlib.text.Text object at 0xd2ff090>
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 9, in <module>
IndexError: invalid index
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あなたは元 Matlab プログラマーだと言えます。0 から始まるインデックス作成が好きになるでしょう。

IndexError がありますが、非常に多くの異なるものにインデックスを付けているため、多くの場合、各行で複数回インデックスを作成しているため、デバッグが困難です。コードをスクリプトに入れて ( run main.pyipython またはpython main.pyターミナルから) 実行すると、少なくともエラーが発生している場所がわかります。1 から始まるインデックスを使用しているように見えるので、off-by-one エラーがあると思われます。

どうですか：

# Extract PCA components for each set
pca1 = pcar[:len(set1d)]
pca2 = pcar[len(set1d):len(set1d)+len(set2d)]
pca3 = pcar[-len(set3d):]

# Iterate over each pair of components
for i in range(3):
    for j in range(i+1, 3):
        f = plt.figure()
        ax = f.add_subplot(111)

        ax.plot(pca1[:, i], pca1[:, j], 'b.')
        ax.plot(pca2[:, i], pca2[:, j], 'r.')
        ax.plot(pca3[:, i], pca3[:, j], 'g.')

        ax.set_xlabel('PC%d' % i)
        ax.set_ylabel('PC%d' % j)

        plt.savefig('PC%d_vs_PC%d.png' % (i, j))
        plt.close(f)

ところで、一般的に、計算コードとプロット コードを分離することは非常に便利だと思います。そのため、ループに入る前にデータセットを分離することをお勧めします。複雑なインデックス付けではなく、プロットに焦点を当てたプロット コードが必要です。

于 2013-01-12T08:26:34.503 に答える