ここで奇妙なことをしているわけではありません。しかし、それらを円の外縁と一致させることができないようです。どんな助けでも大歓迎です。
// Create Nodes
var node = svg.selectAll(".node")
.data(force.nodes())
.enter().append("g")
//.group(d.group)
.attr("class", "node")
.on("mouseover", nodeMouseover)
.on("mouseout", nodeMouseout)
.call(force.drag);
// Append circles to Nodes
var circle = node.append("circle")
.attr("r", 8)
.style("stroke", function (d) { return d.BaseColor; })
.attr("id", function (d) { return d.ID; })
var link = svg.selectAll(".link")
.data(force.links())
.append("line")
.attr("class", "link arrow")
// Draw lines for Links between Nodes
var link = svg.selectAll(".link")
.data(force.links())
.append("line")
.attr("class", "link arrow")