それは些細なことではありません。
Unixベースのシステムでは、現在のユーザーがその機能を持っているかどうかを確認できますが、CAP_SYS_TIMEJavaからこれを確認する標準的な方法はありません。
Windowsでは、管理者権限が必要になりますが、正確にはどの権限かわかりません。Unixと同様に、チェックに使用できるJavaAPIはありません。
たぶん、外部のスクリプト/バイナリがチェックを行うことができます。ProcessBuilderその後、このツールを実行するために使用できます。