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私はLinuxとコマンドラインが初めてです。white space最初の. _ 以下の例を参照してください。どんな助けもありがたく受け取られます。私は解決策を探すのに長い時間を費やしました。答えがある場合は、コマンドを説明してください。その方法と理由を試してみることができます。どうもありがとう。

入力テキストの例:

0   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Bacilli             
1   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Clostridia      
2   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia     
3   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia

出力が必要なもの：

0   k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli        
1   k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia    
2   k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia   
3   k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia
4

4 に答える 4

1 
$ cat file
0   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Bacilli     foo     bar
1   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Clostridia  the   quick     brown
2   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia     fox jumped      over
3   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia     the lazy dogs back

$ awk -v skip=1 '{match($0,"([^[:space:]]+[[:space:]]+){"skip"}"); head=substr($0,1,RSTART+RLENGTH); tail=substr($0,RSTART+RLENGTH+1); gsub(/[[:space:]]+/,";",tail); print head tail}' file
0   k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli;foo;bar
1   k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia;the;quick;brown
2   k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia;fox;jumped;over
3   k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia;the;lazy;dogs;back

$ awk -v skip=2 '{match($0,"([^[:space:]]+[[:space:]]+){"skip"}"); head=substr($0,1,RSTART+RLENGTH); tail=substr($0,RSTART+RLENGTH+1); gsub(/[[:space:]]+/,";",tail); print head tail}' file
0   k__Bacteria  p__Firmicutes;c__Bacilli;foo;bar
1   k__Bacteria  p__Firmicutes;c__Clostridia;the;quick;brown
2   k__Bacteria  p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia;fox;jumped;over
3   k__Bacteria  p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia;the;lazy;dogs;back

$ awk -v skip=3 '{match($0,"([^[:space:]]+[[:space:]]+){"skip"}"); head=substr($0,1,RSTART+RLENGTH); tail=substr($0,RSTART+RLENGTH+1); gsub(/[[:space:]]+/,";",tail); print head tail}' file
0   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Bacilli;foo;bar
1   k__Bacteria  p__Firmicutes   c__Clostridia;the;quick;brown
2   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia;fox;jumped;over
3   k__Bacteria  p__Bacteroidetes    c__Bacteroidia;the;lazy;dogs;back
于 2013-01-15T16:03:18.413 に答える
0

これが解決策ですawk。それは汚れている可能性があり、誰かがそれを洗練することができますが、それは機能します

awk 'OFS=";"{a=$1;$1="";$0=a";"$0}sub(/;;/," ",$0) ' temp.txt

出力は

0 k_Bacteria;p_Firmicutes;c_Bacilli
1 k_Bacteria;p_Firmicutes;c_Clostridia
2 k_Bacteria;p_Bacteroidetes;c_Bacteroidia
3 k_Bacteria;p_Bacteroidetes;c_Bacteroidia

cat temp.txt
0 k_Bacteria p_Firmicutes c_Bacilli
1 k_Bacteria p_Firmicutes c_Clostridia
2 k_Bacteria p_Bacteroidetes c_Bacteroidia
3 k_Bacteria p_Bacteroidetes c_Bacteroidia

編集：コメントに従って更新

このawkスクリプトを試してくださいmyawk.sh

 BEGIN { print "Begin Processing "}
   OFS=";"{
       $9=$9"%%"
   b = $0;
   split($0,a,"%%");
   gsub(/;/," ",a[1])
   print a[1]a[2]
   }
  END {print "Process Complete"}

awk -f myawk.sh temp.txt$9がスペースを保持したい変数uptillである場合に実行します

于 2013-01-15T01:17:42.957 に答える
0 
awk -v OFS=";" '{$1=$1" "$2;$2="";gsub(/;;/,";",$0);print}' your_file

またはperlの場合があります：

perl -F -lane 'print join ";",@F' your_file| perl -pe 's/;/ /'
于 2013-01-15T07:00:57.173 に答える
0

次のようにPythonで実行できます。

#!/usr/bin/env python
import sys

if __name__ == '__main__':
    for line in sys.stdin:
        cols = line.split()
        print ' '.join([cols[0], ';'.join(cols[1:])])

chmod +x scriptファイルだけを実行し./script < inputます。

line.split() は複数の空白で分割されることに注意してください。つまり'a b\tc'、['a', 'b', 'c'].

于 2013-01-15T00:55:16.070 に答える