エージェントをロードしてプロセスにアタッチするために、vm.loadAgent("pathToAgent","");例外がスローされないため、次のステートメントが適切に実行されます。しかし、インストルメンテーションを担当するクラス ファイルが機能していないようです。
このエージェントに含まれるクラス ファイルは、jar各クラス ファイルを再構築し、その過程で各クラス ファイルの名前を出力するだけです。
このエージェントでプログラムを実行することにより、インストルメンテーションを行うために同じエージェントを使用している間、正常に動作します。