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Dependsを管理し、説明ファイルの提案とインポートを行います。最後に、パッケージをに送信しますCRAN。CRANただし、パッケージのインストール中は、パッケージ用ではなく、下に保管されているパッケージのみがインストールされbioconductorます。さらに、Mac OSのパッケージ依存関係エラーがあります：MacOS のログを確認してください

何が問題なのか？どうすれば修正できますか？

敬具、

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3 に答える 3

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R 3.0.2 では、次のように動作します。

setRepositories(ind=1:2)

これを書いている時点では、ind値は 1 から 8 までの値を持つベクトルを取ることができ、次の意味があります。

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

このリストは、 を呼び出すことによって取得されsetRepositories(graphics=F)ます。これにより、インストール元のリポジトリを対話的に選択することもできます。

于 2013-12-09T19:42:19.967 に答える
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これはどこにも文書化されていませんが、秘訣はbiocViews:、DESCRIPTIONファイルに次の行を追加することです (はい、コロンで終わり、何もリストする必要はありません。空白のままにすることができます)。次に、R は、パッケージの要件についてバイオコンダクタ リポジトリをチェックすることを認識します。

于 2016-07-25T21:10:58.900 に答える
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install.packages()RにデフォルトでBioconductorからインストールできるメカニズムはありません(少なくともデフォルトでは、正しく呼び出された場合にBioCにそれを許可するリポジトリインフラストラクチャがあるかどうかを確認していません)。[Bioconductor リポジトリからインストールできるように R を構成する方法については、Martin Morgan のコメント (下記) を参照してくださいinstall.packages()。]

通常、Bioconductor パッケージをインストールするには、次のようにします。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

とは別に行う必要がありますinstall.packages()。

Mac OS X チェックのエラーは、その特定のサーバーの構成エラーである可能性があります。@DWin が言うように、CRAN でこれを取り上げて、その特定の問題の根本に到達する必要があります。私の知る限り、CRAN にはすべての Bioconductor パッケージがインストールされているはずです。

于 2013-01-15T19:25:35.963 に答える