r - ggplot2で重複したグループを使用して箱ひげ図を作成します

Question

サンプルデータ（pindex）は次のようになります。

    gene    index   siC siJ Ctarget Jtarget
1   A1BG    0.00000000  0.00574890  -0.015349200    FALSE   FALSE
2   A1CF    0.00000000  0.00000000  0.000000000 FALSE   FALSE
3   A2LD1   2.51692976  -0.88139800 -0.112959000    TRUE    TRUE
4   A2M 0.00000000  0.86064700  0.000000000 FALSE   FALSE
5   A2ML1   0.00000000  1.07844000  0.000000000 FALSE   FALSE
6   A4GALT  0.00000000  0.83358200  0.000000000 FALSE   TRUE
7   AAAS    12.97712855 -0.64036900 0.000000000 TRUE    TRUE
8   AACS    4.69408532  -0.02945270 0.000000000 TRUE    TRUE
9   AADAC   0.00000000  0.00000000  0.000000000 FALSE   FALSE

私のコードは次のようなものです：

ggplot(pindex, aes(Ctarget,log10(index+1))) + geom_boxplot(aes(colour=Jtarget))

CTargetこれにより、列に従って箱ひげ図が描画されJtargetます。

しかし、このプロットは醜く、人々を混乱させます。

私がやりたいのは、グループが、、、である4つの箱ひげ図を作成することですNEITHER Ctarget NOR Jtarget（CtargetこれらJtargetのCtarget AND Jtarget4つのグループには重複があります）。

誰かがこれについてアイデアを持っていますか？

Answer 1

これはおそらく最も効率的またはエレガントな方法ではありませんが、機能します。まず、新しいdata.frameを定義します。ターゲットの各カテゴリには、それに適合するすべての観測値が含まれています（したがって、一部の観測値は複数回表示されます）。

> pindex2 <- rbind(data.frame(index=pindex$index[pindex$Ctarget==TRUE],
    targets="Ctarget"),
  data.frame(index=pindex$index[pindex$Ctarget==TRUE & pindex$Jtarget==TRUE],
    targets="Ctarget AND Jtarget"),
  data.frame(index=pindex$index[pindex$Ctarget==FALSE & pindex$Jtarget==FALSE],
    targets="NOT Ctarget OR Jtarget"),
  data.frame(index=pindex$index[pindex$Jtarget==TRUE],
    targets="Jtarget"))

次に、プロットは簡単です。

ggplot(pindex2,aes(x=targets,y=log10(index+1))) + geom_boxplot()

提供したいくつかの行に基づくと、次のようになります。

その後、好きなように色などで遊ぶことができます。