expressjsには、ルートごとのタイムアウト制限を設定する方法があります。
処理に30〜45秒かかるルートがいくつかあります(大量のタスク)
そして、5秒以上かかる場合はタイムアウトさせたい他のルート。
リクエストのタイムアウト制限をグローバルに設定する方法と、ルートで個別に設定する方法があるかどうかを尋ねていると思います。
組み込みのconnect-timeoutミドルウェアを使用します。
http://www.senchalabs.org/connect/timeout.html
var connectTimeout = require('connect-timeout');
var timeout = connectTimeout({ time: 10000 });
var longTimeout = connectTimeout({ time: 45000 });
app.use(timeout); // you can set a global timeout value
app.get('/some/route', longTimeout, yourHandler); // or you can set per-route timeouts