window.locationを同じページに移動させる方法ですが、別の異なるdivタグを使用します(または次のようなdiv idを使用します:href = "#id")。
    if((mins == 0) && (secs == 0)) {
        window.alert("Time is up.Your score is "+score); // change timeout message as required
        window.location = "index.html" // redirects to specified page once timer ends and ok button is pressed
    } else {
        cd = setTimeout("redo()",1000);
    }
どんな助けでもいただければ幸いです。前もって感謝します。