以下は、分子動力学軌跡データから速度値を読み取るスクリプトです。以下のような名前パターンの軌跡ファイルがたくさんあります。
waters1445-MD001-run0100.traj
waters1445-MD001-run0200.traj
waters1445-MD001-run0300.traj
waters1445-MD001-run0400.traj
waters1445-MD001-run0500.traj
waters1445-MD001-run0600.traj
waters1445-MD001-run0700.traj
waters1445-MD001-run0800.traj
waters1445-MD001-run0900.traj
waters1445-MD001-run1000.traj
waters1445-MD002-run0100.traj
waters1445-MD002-run0200.traj
waters1445-MD002-run0300.traj
waters1445-MD002-run0400.traj
waters1445-MD002-run0500.traj
waters1445-MD002-run0600.traj
waters1445-MD002-run0700.traj
waters1445-MD002-run0800.traj
waters1445-MD002-run0900.traj
waters1445-MD002-run1000.traj
各ファイルには、分析する 200 フレームのデータがあります。そこで、このコードが各trajファイル(上記)を次々と読み込み、速度値を抽出して特定のファイルに書き込むように計画しました(text_file = open("Output.traj.dat", "a") それぞれの入力軌跡ファイルに対応します。
そこで、「loops(mmm)」という関数を定義しました。ここで、「mmm」は関数「loops」への軌跡ファイル名パーサーです。
#!/usr/bin/env python
'''
always put #!/usr/bin/env python at the shebang
'''
#from __future__ import print_function
from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile as Dataset
import itertools as itx
import sys
#####################
def loops(mmm):
inputfile = mmm
for FRAMES in range(0,200):
frame = FRAMES
text_file = open("Output.mmm.dat", "a")
def grouper(n, iterable, fillvalue=None):
args = [iter(iterable)] * n
return itx.izip_longest(fillvalue=fillvalue, *args)
formatxyz = "%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f"
formatxyz_size = 6
formatxyzshort = "%12.7f%12.7f%12.7f"
formatxyzshort_size = 3
#ncfile = Dataset(inputfile, 'r')
ncfile = Dataset(ppp, 'r')
variableNames = ncfile.variables.keys()
#print variableNames
shape = ncfile.variables['coordinates'].shape
'''
do the header
'''
print 'title ' + str(frame)
text_file.write('title ' + str(frame) + '\n')
print "%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time'][frame])
text_file.write("%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time']\
[frame]) + '\n')
'''
do the velocities
'''
try:
xyz = ncfile.variables['velocities'][frame]
temp = grouper(2, xyz, "")
for i in temp:
z = tuple(itx.chain(*i))
if (len(z) == formatxyz_size):
print formatxyz % z
text_file.write(formatxyz % z + '\n')
elif (len(z) == formatxyzshort_size):
print formatxyzshort % z
text_file.write(formatxyzshort % z + '\n' )
except(KeyError):
xyz = [0] * shape[2]
xyz = [xyz] * shape[1]
temp = grouper(2, xyz, "")
for i in temp:
z = tuple(itx.chain(*i))
if (len(z) == formatxyz_size):
print formatxyz % z
elif (len(z) == formatxyzshort_size):
print formatxyzshort % z
x = ncfile.variables['cell_angles'][frame]
y = ncfile.variables['cell_lengths'][frame]
#text_file.close()
# program starts - generation of file name
for md in range(1,3):
if md < 10:
for pico in range(100,1100, 100):
if pico >= 1000:
kkk = "waters1445-MD00{0}-run{1}.traj".format(md,pico)
loops(kkk)
elif pico < 1000:
kkk = "waters1445-MD00{0}-run0{1}.traj".format(md,pico)
loops(kkk)
#print kkk
(# program starts - generation of file name) 行で、コードはファイル名を生成し、それに応じて関数を呼び出し、速度を抽出して値を (text_file = open("Output.mmm.dat", " a")
このコードを実行すると、プログラムは実行されますが、残念ながら、入力軌跡ファイル名に従って出力ファイルを生成できませんでした。
出力ファイル名を次のようにします。
velo-waters1445-MD001-run0100.dat
velo-waters1445-MD001-run0200.dat
velo-waters1445-MD001-run0300.dat
velo-waters1445-MD001-run0400.dat
velo-waters1445-MD001-run0500.dat
.
.
.
変更が必要な場所を追跡できませんでした。