0

以下は、分子動力学軌跡データから速度値を読み取るスクリプトです。以下のような名前パターンの軌跡ファイルがたくさんあります。

waters1445-MD001-run0100.traj
waters1445-MD001-run0200.traj
waters1445-MD001-run0300.traj
waters1445-MD001-run0400.traj
waters1445-MD001-run0500.traj
waters1445-MD001-run0600.traj
waters1445-MD001-run0700.traj
waters1445-MD001-run0800.traj
waters1445-MD001-run0900.traj
waters1445-MD001-run1000.traj
waters1445-MD002-run0100.traj
waters1445-MD002-run0200.traj
waters1445-MD002-run0300.traj
waters1445-MD002-run0400.traj
waters1445-MD002-run0500.traj
waters1445-MD002-run0600.traj
waters1445-MD002-run0700.traj
waters1445-MD002-run0800.traj
waters1445-MD002-run0900.traj
waters1445-MD002-run1000.traj

各ファイルには、分析する 200 フレームのデータがあります。そこで、このコードが各trajファイル(上記)を次々と読み込み、速度値を抽出して特定のファイルに書き込むように計画しました(text_file = open("Output.traj.dat", "a") それぞれの入力軌跡ファイルに対応します。

そこで、「loops(mmm)」という関数を定義しました。ここで、「mmm」は関数「loops」への軌跡ファイル名パーサーです。

#!/usr/bin/env python
'''
always put #!/usr/bin/env python at the shebang
'''
#from __future__ import print_function
from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile as Dataset
import itertools as itx
import sys
#####################


def loops(mmm): 
  inputfile = mmm

  for FRAMES in range(0,200):
      frame = FRAMES
      text_file = open("Output.mmm.dat", "a")

      def grouper(n, iterable, fillvalue=None):
        args = [iter(iterable)] * n
        return itx.izip_longest(fillvalue=fillvalue, *args)

    formatxyz = "%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f"
    formatxyz_size = 6
    formatxyzshort = "%12.7f%12.7f%12.7f"
    formatxyzshort_size = 3

    #ncfile = Dataset(inputfile, 'r')
    ncfile = Dataset(ppp, 'r')

    variableNames = ncfile.variables.keys()
    #print variableNames

    shape = ncfile.variables['coordinates'].shape
    '''
    do the header
    '''

    print 'title ' + str(frame)
    text_file.write('title ' + str(frame) + '\n')
    print "%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time'][frame])
    text_file.write("%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time']\
    [frame]) + '\n')

    '''
    do the velocities
    '''
    try:
        xyz = ncfile.variables['velocities'][frame]
        temp = grouper(2, xyz, "")

        for i in temp:
            z = tuple(itx.chain(*i))
            if (len(z) == formatxyz_size): 
                print formatxyz % z
                text_file.write(formatxyz % z + '\n')
            elif (len(z) == formatxyzshort_size): 
                print formatxyzshort % z
                text_file.write(formatxyzshort % z + '\n' )

    except(KeyError):
        xyz = [0] * shape[2] 
        xyz = [xyz] * shape[1]
        temp = grouper(2, xyz, "")

        for i in temp:
            z = tuple(itx.chain(*i))
            if (len(z) == formatxyz_size): 
                print formatxyz % z
            elif (len(z) == formatxyzshort_size): 
                print formatxyzshort % z
            x = ncfile.variables['cell_angles'][frame]
            y = ncfile.variables['cell_lengths'][frame]

 #text_file.close()


# program starts - generation of file name
for md in range(1,3):
   if md < 10:
      for pico in range(100,1100, 100):
        if  pico >= 1000:
            kkk = "waters1445-MD00{0}-run{1}.traj".format(md,pico)
            loops(kkk)
        elif pico < 1000:
            kkk = "waters1445-MD00{0}-run0{1}.traj".format(md,pico)
            loops(kkk)

        #print kkk

(# program starts - generation of file name) 行で、コードはファイル名を生成し、それに応じて関数を呼び出し、速度を抽出して値を (text_file = open("Output.mmm.dat", " a")

このコードを実行すると、プログラムは実行されますが、残念ながら、入力軌跡ファイル名に従って出力ファイルを生成できませんでした。

出力ファイル名を次のようにします。

velo-waters1445-MD001-run0100.dat
velo-waters1445-MD001-run0200.dat
velo-waters1445-MD001-run0300.dat
velo-waters1445-MD001-run0400.dat
velo-waters1445-MD001-run0500.dat
.
.
.

変更が必要な場所を追跡できませんでした。

4

1 に答える 1

0

コードのインデントが壊れています: への最初の代入formatxyzと次のコードはdef grouper、 にも . にも配置されていませんfor FRAMES。

主な問題は、（ヨハネスがすでにコメントしたように）書き込みのためにファイルを開くときと、実際にファイルにデータを書き込むときです。

小切手：

for FRAMES in range(0,200):
    frame = FRAMES
    text_file = open("Output.mmm.dat", "a")

出力ファイルの名前は (hardcoded)Output.mmm.datです。に変更し"Output.{0}.dat".format(mmm)ます。mmmただし、ループ内で変数が変更されることはありません。すべてのフレームが同じファイルに書き込まれることになっている場合は、これで問題ありません。

通常、変数と関数に選択した名前で作業してください。loopsは非常に一般的であり、 および も同様kkkですmmm。より具体的に言えば、デバッグに役立ちます。何が起こっていて、どこでプログラムがうまくいかないのかわからない場合は、print("dbg> do (a)")説明文を含むステートメントを挿入するか、Python デバッガーを使用してプログラムをステップ実行します。特にインタラクティブなデバッグは、新しい言語と新しい概念を学ぶ上で不可欠です。

于 2013-03-19T14:52:29.670 に答える