Android用Googleクラウドメッセージング（GCM）を実装しました。私はGCMサービスを使用しています：
<service android:name=".GCMIntentService" />
新しいメッセージが到着すると、onMessageが起動します。
protected void onMessage(Context context, Intent intent) {
GCMIntentService何らかの理由でサービスが機能しなくなり、新しい通知が届いた場合に直面する問題は1つだけです。これで、ユーザーがアプリを起動しても、上記は起動されonMessageません。
この場合、GCMIntentServiceが実行されていなかったために見逃された、新しい待機通知があるかどうかをアプリがチェックするために離れているのではないかと思います。
この問題はGCMIntentService、ユーザーがアプリを初めて起動したときにのみ機能し始めますが、たとえば、ユーザーが受話器を再起動した場合、この場合GCMIntentServiceはまだ実行されていない場合を考えてみてください。