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データベースから約 7000 個のオブジェクトを受け取り、各項目を JSON ファイルに書き込みます。約 2000 個のオブジェクトの後、perl はOut of memoryエラーで終了します。最初に、すべてのデータベース オブジェクトが受信され、明らかに完全にメモリに収まります。エラーはループ中に発生します。

私はperlを初めて使用し、なぜこれが起こるのかわかりません。私の観点からは、各反復後に解放できないループ内のメモリ割り当てはありません。

これが私のコードです：

use lib '../AcePerl/blib/lib','../AcePerl/blib/arch';
use Ace;
use JSON;
use Data::Structure::Util qw( unbless );
use List::MoreUtils;
use strict vars;

use constant HOST => $ENV{ACEDB_HOST} || 'mining.wormbase.org';
use constant PORT => $ENV{ACEDB_PORT} || 2005;

$|=1;

my $json = JSON->new->allow_nonref;

print "Opening the database....";
my $db = Ace->connect(-host=>HOST,-port=>PORT
              -cache => {
                         cache_root         => '/usr/tmp/acedb',
                         cache_depth        => 4,
                         default_expires_in => '1 week'
                         }
) || die "Connection failure: ",Ace->error;
print "done.\n";

#my @anatomies = $db->list('Anatomy_Term','WBbt:000547*');
my @anatomies = $db->fetch(-name    => '*',
                           -class   => 'Anatomy_Term',
                           -fill    => true,
#                           -count   => 10
                          );

#my @anatomies = $db->list('Anatomy_Term','*');

print scalar(@anatomies), " anatomy terms found!\n";

my $i = 0;
my $c;

sub wbstr {
  my $arg = $_[0];
  if(!defined $arg) {
    return undef;
  }else{
    return $arg->name;}
}

# parse anatomy terms for cells
my %anatomy_data;

open (MYFILE, '>anatomy-data2.txt');
print MYFILE '{';

my $parent;
my $first;
my $ancestor;
my $expr_ancestor;
my $is_a;

foreach $c (@anatomies) {
  if($i!=0) {
    print MYFILE ',';
  }

  $i++;
  print MYFILE $json->encode(wbstr($c)), ':{';

  print MYFILE '"term":', $json->encode(wbstr($c->Term)), ',';
  print MYFILE '"definition":', $json->encode(wbstr($c->Definition)), ',';
  print MYFILE '"synonym":', $json->encode(wbstr($c->Synonym)), ',';

  print MYFILE '"parents":[';
  $first = true;
  foreach $parent ($c->CELL_p) {
    if($first eq false) {
      print MYFILE ',';
    }
    print MYFILE $json->encode(wbstr($parent));
    $first = false;
  }
  print MYFILE '],';

  print MYFILE '"ancestors":[';
  $first = true;
  foreach $ancestor ($c->Ancestor) {
    if($first eq false) {
      print MYFILE ',';
    }
    print MYFILE $json->encode(wbstr($ancestor));
    $first = false;
  }
  print MYFILE '],';


  print MYFILE '"expr_ancestors":[';
  $first = true;
  foreach $expr_ancestor ($c->Expr_ancestor) {
    if($first eq false) {
      print MYFILE ',';
    }
    print MYFILE $json->encode(wbstr($expr_ancestor));
    $first = false;
  }
  print MYFILE '],';

  print MYFILE '"is_a":[';
  $first = true;
  foreach $is_a ($c->IS_A_p) {
    if($first eq false) { 
      print MYFILE ',';
    }
    print MYFILE $json->encode(wbstr($is_a));
    $first = false;
  }
  print MYFILE ']}';
}
print MYFILE '}';

print "Done\n";

close (MYFILE);
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-1

ファイルをフラッシュしてみてください（または、印刷MYFILEステートメントのある時点で「\ n」を挿入してください）。このSOの質問はあなたを助けるかもしれません

于 2013-01-23T16:05:04.190 に答える