わかりました。.htaccessを次のように設定しました。
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/]+)$ index.php
ご覧のとおり、phpファイルと画像の表示を「含める」必要があるため、ファイルを除くすべてを解析してインデックスを作成しています。
ユーザーがたとえばwww.site.com/login.phpと入力すると、ログインphpページが表示されます。
PHPページへのアクセスを防止するだけでなく、それらを「含める」ことを許可するにはどうすればよいですか?