これにPHPをどのように使用したかはわかりません。ファイルを処理してディスパッチしているのはapacheなので、そこから始めるのが最適です。
以下をお試しください:
1) apacheでheaders.load(ヘッダーモジュール)を有効にします。それ以外の場合は機能しません。
2)以下を.htaccessに追加します。これにより、以下のすべての形式のファイルタイプがキャプチャされ、キャッシュされないように設定されます。
<FilesMatch "\.(jpg|gif|js|css|ico|swf|zip|pdf|doc|htc|xls|rtf|odt|wav|mp3|avi|wmv|mov|txt|flv)$"> FileETag None
<IfModule mod_headers.c>
Header unset ETag
Header set Cache-Control "max-age=0, no-cache, no-store, must-revalidate" Header set Pragma "no-cache"
Header set Expires "Wed, 11 Jan 1984 05:00:00 GMT"
</IfModule>
</FilesMatch>
3) apacheを再起動します。
4) 'curl-iwww.url.com/file.flv'コマンドを再試行します。
ヘッダーがファイルにキャッシュしないように指示しているのがわかるはずです。