1024 個の独立変数と、それらに関連付けられている25 個の従属変数のデータを結合した CSV テーブルがあります。独立変数 (1 .. 1024 と呼ばれる) ごとに、10 の異なる結果があります。私はしたいと思います
- 独立変数ごとに最良の結果を選択し、
- その情報を含む行を新しい CSV ファイルにパイプします。
perl に尋ねるのはかなり簡単なことのように思えますし、配列の配列のハッシュを使用するのは簡単かもしれませんが、このデータのコレクションに対してそのようなものをどのように実装できるかについてはまだ混乱しています。
現在のコード
一致する行の印刷に関する 2009 年の非常に役立つ Q&Aを見つけました。いくつかいじくり回した後はかなりうまく機能しますが、いくつかの問題が残っています。
- 各ケースで最初に表示される値が最大値になるように、ファイルを事前に並べ替える必要があります。
- また、最初の独立変数の最良の結果を得ることを逃し、
- 場合によっては、最大値だけでなく、複数の行が返されます。
これを行うためのより簡単な方法があるに違いないと確信しています。私の（ぼったくりされた）スクリプトに対する助けや建設的な批判をいただければ幸いです。
ありがとうございました！
これは私がこれまでに持っているものです:
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
unless ($#ARGV == 0) {
print "USAGE: get_best.pl csvfile \n";
exit;
}
### this is a script to get the best "score"
my $input = $ARGV[0];
my $outfile = "bestofthebest.csv";
if (-e $outfile ) {
system "rm $outfile";
}
open(my $fh,'<',"$input") || die "could not open $input"; #try to open input
open (SUMMARY, ">>","$outfile") || die "could not open $outfile"; #open output file for writing
my $this_line = "";
my $do_next = 0;
while (<$fh>) {
chomp($_);
my $last_line = $this_line;
$this_line = $_;
if ($this_line =~ m/Seq/) {
print SUMMARY "$this_line\n";next;
}
my ($compound, $rank, $nnme, $G1, ..., $res1, $res2, $res3, $res4, $res5, $res6 ) = split(/\s+/, $this_line, 26);
my ($compound_old, $rank_old, $nnme_old, $G1_old, ..., $res1_old, $res2_old, $res3_old, $res4_old, $res5_old, $res6_old) = split(/\s+/, $last_line, 26);
foreach ($compound == $compound_old) {
if (($G1 >= $G1_old)){
print SUMMARY "$this_line\n";
print "\n $G1 G1 is >> $G1_old G1_old loop\n";
print "\n compound is $compound G1 is $G1\n";
$do_next = 1;
}
else {
$last_line = "";
$do_next = 0;
}
}
}
close ($fh);
close (SUMMARY);
入力例
これは、入力データがどのように見えるかです (明らかに、いくつかの列と行を省略しています)
10 8 3 -18.08 -1.4 -16.68 -15.94 -2.13 -9.45
11 10 4 -15.2 3.2 -18.4 -18.02 2.82 -5
11 5 4 -15.22 2.71 -17.92 -15.88 0.66 -4.51
11 7 4 -14.06 3.84 -17.89 -16.7 2.64 -5.73
11 4 4 -16.63 0.48 -17.1 -15.75 -0.87 -5.92
11 6 4 -15.21 1.83 -17.04 -18.41 3.21 -7
11 9 4 -15.18 1.82 -17 -16.56 1.38 -7.09
11 8 4 -14.98 1.93 -16.91 -16.78 1.79 -10.81
11 2 4 -18.75 -1.95 -16.8 -17.83 -0.92 -7.35
11 1 4 -19.67 -3.17 -16.5 -16.4 -3.27 -9.01
11 3 4 -16.69 -0.54 -16.14 -16.35 -0.34 -9.17
12 7 4 -19.54 -1.14 -18.41 -17.74 -1.81 -2.79
12 9 4 -19.09 -1.01 -18.08 -16.01 -3.09 -5.56
12 4 4 -19.48 -2.18 -17.3 -16.34 -3.14 -4
12 2 4 -19.86 -2.77 -17.1 -15.97 -3.9 -2.96
12 8 4 -19.49 -2.45 -17.03 -16.39 -3.1 -7.19
12 1 4 -20.28 -3.33 -16.95 -17.12 -3.16 -5.18
12 3 4 -18.78 -1.93 -16.86 -17.81 -0.98 -5.39
12 5 4 -19.63 -2.86 -16.77 -16.41 -3.22 -6.54
12 6 4 -19.81 -3.25 -16.56 -16.53 -3.27 -7.19
12 10 4 -19.39 -2.95 -16.44 -17.42 -1.97 -7.67
13 1 3 -13.05 6.35 -19.4 -18.71 5.66 -6.43
13 8 3 -21.44 -2.32 -19.11 -17.08 -4.36 -1.93
13 3 3 -16 2.94 -18.94 -19.24 3.24 -2.78
13 2 3 -13.79 4.9 -18.7 -17.35 3.56 -4.72
13 6 3 -22.08 -3.4 -18.68 -20.12 -1.96 -6.74
13 9 3 -18.98 -0.32 -18.66 -15.97 -3.01 -3.06
13 7 3 -20.4 -2.08 -18.32 -18.24 -2.17 -5.71
13 5 3 -19.94 -1.62 -18.32 -19.42 -0.52 -7.44
13 10 3 -19.26 -1.25 -18.01 -17.52 -1.74 -5.68
13 4 3 -17.75 -1.33 -16.42 -17.75 0 -9.15
14 9 3 -22.23 -3.43 -18.79 -16.68 -5.55 -3.91
14 5 3 -21.32 -2.95 -18.37 -18.08 -3.24 -6.03
14 7 3 -24.25 -6.29 -17.96 -18.78 -5.47 -9.21
14 6 3 -21.03 -3.14 -17.89 -19.17 -1.86 -10.11
14 4 3 -21.59 -3.93 -17.67 -19.32 -2.28 -6.55
14 1 3 -22.43 -4.79 -17.63 -18.09 -4.34 -5.63
現在の出力:
10 2 3 -10.11 8.94 -19.04 -18.48 8.38 -4.09
11 5 4 -15.22 2.71 -17.92 -15.88 0.66 -4.51
12 7 4 -19.54 -1.14 -18.41 -17.74 -1.81 -2.79
12 6 4 -19.81 -3.25 -16.56 -16.53 -3.27 -7.19
13 8 3 -21.44 -2.32 -19.11 -17.08 -4.36 -1.93
14 9 3 -22.23 -3.43 -18.79 -16.68 -5.55 -3.91
15 10 4 -21.51 -1.51 -20 -17.63 -3.88 -2.45
16 5 4 -17.81 2.56 -20.37 -19.09 1.28 -1.19
16 2 4 -16.61 1.97 -18.58 -21.06 4.45 -6.47