ターミナルでテストしたコマンドがあり、正常に動作しますが、スクリプトでコマンドを呼び出してブラウザに出力を表示すると、動作しないようです。私のコマンドは、ターミナルに出力を表示するのに時間がかかります。これは、ブラウザに表示されない理由の1つです。
set_time_limit (0);
echo '<pre>';
$output=array();
$last_line = system('cat /home/me/dev/test/working/test_string.txt | java -jar /home/simon/logstash/build/logstash-1.1.10.dev-monolithic.jar agent -f /home/me/dev/test/working/my_itch_con.config',$output);
echo '</pre>';
echo "Complete";
print_r($output);
echo "<br>";