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機能しないこのダブル for ループを試しました。（下記参照。）

基本的に、コンストラクトのリストとプライマーのリストがあります。プライマーは、「構築物番号」および「部品番号」によって構築物と関連付けられる。(各コンストラクトは複数の部分で構成されています。)各部分には、「フォワード」プライマーと「リバース」プライマーがあります。分子生物学に傾倒している SO メンバーのために、私は基本的に PCR を支援するスクリプトを書いています。

私がやろうとしているのはこれです: コンストラクトの部分に関連付ける必要があるプライマーのリストを検索し、それらを 1 つのマスター リストに結合したいと考えています。たとえば、EMP792 (fw) と EMP793 (re) を含むリストがあり (それらは別の行にあります)、それらがコンストラクト リスト内のコンストラクト #1 のパート #2 に関連付けられている場合、次のことができるようにしたいと考えています。対応する fw および re プライマーの「primers_list」を検索します。コンストラクトの部分にリスト内のプライマーが関連付けられていない場合は、最初にそれらのコンストラクトをスキップしたいと思います。

私が使用した戦略は次のとおりです。ネストされた for ループを実行しました。コンストラクト リスト内のコンストラクトごとに、プライマー リストから fw および re プライマーを検索するようにしました。これが非効率的であることはわかっていますが、初心者のプログラマーとして、それが思いつく唯一の方法です。プライマーに関連付けられたコンストラクト番号とパーツ番号を確認することで、これらのコンストラクトにプライマーが存在するかどうかを確認するための条件をいくつか含めました。

私が直面している問題は次のとおりです。リスト内の各コンストラクトについて、ループはprimer_list全体を検索しません。以前に比較されたすべてのプライマーを自動的に通過し、まだ​​比較されていない次のプライマーのみを比較するようです。これは処理に問題を引き起こしています。関連するデータ セット (コードの下にも貼り付けています) を使用してコードを実行すると、関連するプライマーが印刷されているはずのコンストラクトに関連するデータが含まれていないことがわかります。プライマー、そして何がうまくいかないのかを理解しようとして頭痛の種になっています（笑、笑...）！

助けていただければ幸いです！

コード：

with open('constructs-to-make-shortened2.csv', 'rU') as constructs:
    construct_list = csv.DictReader(constructs)

    with open('primers-with-notes-names.csv', 'rU') as primers:
        primers_list = csv.DictReader(primers)

        #make list of constructs for checking later on#
##        construct_numbers_list = []
##        for row in primers_list:
##            construct_numbers_list.append(row['construct number'])
##
##        print(construct_numbers_list)


        for construct in construct_list:
##            print('Currently at construct number ' + construct['Construct'])
##            print('Construct counter at ' + str(construct_counter))
##            print('Part number counter is at ' + str(part_number))
            master_row = {}
            master_row['construct'] = construct['Construct']
            master_row['strategy'] = construct['Strategy']
            master_row['construct name'] = construct['Construct Name']
            master_row['sequence'] = construct['Sequence']
            master_row['source'] = construct['Source']
            master_row['content'] = construct['Content']


            print('We are at construct number ' + str(construct['Construct']))
            print('Construct counter is at ' + str(construct_counter))
            is_next_construct = (int(construct['Construct']) > construct_counter)
            print('Are we at the next construct?')
            print(is_next_construct)

            if is_next_construct:
                part_number = 1
                construct_counter = int(construct['Construct'])
            print('Part number is now ' + str(part_number))

            for primer in primers_list:
                print(primer)


##                    print('Is primer ' + str(primer['name']) + ' associated with the construct?')
                is_associated_with_construct = bool(primer['construct number'] == construct['Construct'] and str(primer['part number']) == str(part_number))
##                    print(is_associated_with_construct)
                if(is_associated_with_construct == False):
                    break

                is_forward = bool(primer['construct number'] == construct['Construct'] and str(primer['part number']) == str(part_number) and primer['direction'] == 'fw primer')

                print('Primer ' + str(primer['name']) + ' is a forward primer?')
                print(is_forward)

                is_reverse = bool(primer['construct number'] == construct['Construct'] and str(primer['part number']) == str(part_number) and primer['direction'] == 're primer')

                print('Primer ' + str(primer['name']) + ' is a reverse primer?')
                print(is_reverse)

                if is_forward:
                    master_row['primer1'] = primer['name']
                    master_row['primer1 sequence'] = primer['primer sequence']
                    master_row['primer1 description'] = primer['notes']
                    master_row['primer1 length'] = primer['length']
##                        print(master_row)
                    continue

                elif is_reverse:
                    master_row['primer2'] = primer['name']
                    master_row['primer2 sequence'] = primer['primer sequence']
                    master_row['primer2 description'] = primer['notes']
                    master_row['primer2 length'] = primer['length']
##                        print(master_row)
                    part_number += 1
                    print('Part number now = ' + str(part_number) + '\n')
                    master_list.append(master_row)
                    break

DATA SUBSET (コンストラクト) (SO 文字制限内に保つために正確なシーケンスは削除されています):

{'Sequence': '', 'Construct': '12', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'Amp resistance marker', 'Source': 'pEM096', 'Construct Name': 'T7 RNAP core on BAC ori only with AmpR'}
{'Sequence': '', 'Construct': '12', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'BAC origin and T7 RNAP core', 'Source': 'THSS301', 'Construct Name': 'T7 RNAP core on BAC ori only with AmpR'}
{'Sequence': '', 'Construct': '13', 'Strategy': 'Cut Gibson', 'Content': 'lycopene pathway (crtE.B.I.dxs.idi)', 'Source': 'KT-537', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid'}
{'Sequence': '', 'Construct': '13', 'Strategy': 'Cut Gibson', 'Content': 'vioABE pathway and pSC101 ori and CmR;  digest with EcoRI and XbaI', 'Source': 'KT-587', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid'}
{'Sequence': '', 'Construct': '14', 'Strategy': 'Cut Gibson', 'Content': 'lycopene pathway (crtE.B.I.dxs.idi)', 'Source': 'KT-537', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid, with lyc in reverse direction'}
{'Sequence': '', 'Construct': '14', 'Strategy': 'Cut Gibson', 'Content': 'vioABE pathway and pSC101 ori and CmR;  digest with EcoRI and XbaI', 'Source': 'KT-587', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid, with lyc in reverse direction'}
{'Sequence': '', 'Construct': '15', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'vioABE pathway with random nucleotide spacers', 'Source': 'KT-587', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid made by high GC polymerase'}
{'Sequence': '', 'Construct': '15', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'lycopene pathway (crtE.B.I.dxs.idi)', 'Source': 'KT-537', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid made by high GC polymerase'}
{'Sequence': '', 'Construct': '15', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'pSC101 origin of replication and CmR resistance marker', 'Source': 'KT-537', 'Construct Name': 'Combined vio and lyc plasmid made by high GC polymerase'}
{'Sequence': '', 'Construct': '16', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'P(tac)-SynZip18-T7 fragment', 'Source': 'THSS303', 'Construct Name': 'P(tac)-T7 fragment controller'}
{'Sequence': '', 'Construct': '16', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'Source': 'pEM103', 'Construct Name': 'P(tac)-T7 fragment controller'}
{'Sequence': '', 'Construct': '17', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'P(tac)-SynZip18-T3 fragment', 'Source': 'THSS304', 'Construct Name': 'P(tac)-T3 fragment controller'}
{'Sequence': '', 'Construct': '17', 'Strategy': 'Gibson', 'Content': 'IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'Source': 'pEM103', 'Construct Name': 'P(tac)-T3 fragment controller'}

データ サブセット (プライマー):

{'part number': '1', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP790', 'primer sequence': 'gtttgtcggtgaactaattCttattaccaatgcttaatcagggaggcacctatctcagcg', 'notes': 'Fw Gibson primer on pEM096 to extract Amp resistance marker', 'length': '60', 'construct number': '12'}
{'part number': '1', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP787', 'primer sequence': 'gatgaggatcgtttcgcatgctaaatacattcaaatatctatccgctcatgagacaataa', 'notes': 'Re Gibson primer on pEM096 to extract Amp resistance marker', 'length': '60', 'construct number': '12'}
{'part number': '2', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP788', 'primer sequence': 'agatatttgaatgtatttagcatgcgaaacgatcctcatcctgtctcttgatcagatctt', 'notes': 'Fw Gibson primer on THSS301 to extract BAC and R6K origins and T7 RNAP core', 'length': '60', 'construct number': '12'}
{'part number': '2', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP791', 'primer sequence': 'tgattaagcattggtaataaGaattagttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcc', 'notes': 'Re Gibson primer on THSS301 to extract BAC origin and T7 RNAP core', 'length': '60', 'construct number': '12'}
{'part number': '1', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP792', 'primer sequence': 'aaggaatattcagcaatttgGTTGGGGATAGCGCTAGCTATAATAactaTCACTATAGGG', 'notes': 'Fw Gibson primer on KT-587 to extract vioABE pathway with random nucleotide spacers', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '1', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP793', 'primer sequence': 'gggcctttcttcggcacgggGTTGTAGCAGGCGTCTTTGTCAAAAAACCCCTCAAGACCC', 'notes': 'Re Gibson primer on KT-587 to extract vioABE pathway with random nucleotide spacers', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '2', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP794', 'primer sequence': 'ACAAAGACGCCTGCTACAACcccgtgccgaagaaaggcccacccgtgaaggtgagccagt', 'notes': 'Fw Gibson primer on KT-537 to extract lycopene pathway (crtE.B.I.dxs.idi)', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '2', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP795', 'primer sequence': 'gaggtcattactggatctaTcccgtgccgaagaaaggcccacccgtgaaggtgagccagt', 'notes': 'Re Gibson primer on KT-537 to extract lycopene pathway (crtE.B.I.dxs.idi)', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '3', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP796', 'primer sequence': 'gggcctttcttcggcacgggAtagatccagtaatgacctcagaactccatctggatttgt', 'notes': 'Fw Gibson primer on KT-537 to extract pSC101 origin of replication and CmR resistance marker', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '3', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP797', 'primer sequence': 'TAGCTAGCGCTATCCCCAACcaaattgctgaatattccttttcttagacgtcaggtggca', 'notes': 'Re Gibson primer on KT-537 to extract pSC101 origin of replication and CmR resistance marker', 'length': '60', 'construct number': '15'}
{'part number': '1', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP798', 'primer sequence': 'aaatattctgaaatgagctgttgacaattaatcatcggctcgtataatgtgtggaattgt', 'notes': 'Fw Gibson primer on THSS303 to extract P(tac)-SynZip18-T7 fragment', 'length': '60', 'construct number': '16'}
{'part number': '1', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP799', 'primer sequence': 'attaccgcctttgagtgagccccaatgataaccccaagggaagttttagtcaaaagcctc', 'notes': 'Re Gibson primer on THSS303 to extract P(tac)-SynZip18-T7 fragment', 'length': '60', 'construct number': '16'}
{'part number': '2', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP800', 'primer sequence': 'cccttggggttatcattggggctcactcaaaggcggtaatcagataaaaaaaatccttag', 'notes': 'Fw Gibson primer on pEM103 to extract IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'length': '60', 'construct number': '16'}
{'part number': '2', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP801', 'primer sequence': 'agccgatgattaattgtcaacagctcatttcagaatatttgccagaaccgttatgatgtc', 'notes': 'Re Gibson primer on pEM103 to extract IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'length': '60', 'construct number': '16'}
{'part number': '1', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP798', 'primer sequence': 'aaatattctgaaatgagctgttgacaattaatcatcggctcgtataatgtgtggaattgt', 'notes': 'Fw Gibson primer on THSS303 to extract P(tac)-SynZip18-T7 fragment', 'length': '60', 'construct number': '17'}
{'part number': '1', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP799', 'primer sequence': 'attaccgcctttgagtgagccccaatgataaccccaagggaagttttagtcaaaagcctc', 'notes': 'Re Gibson primer on THSS303 to extract P(tac)-SynZip18-T7 fragment', 'length': '60', 'construct number': '17'}
{'part number': '2', 'direction': 'fw primer', 'name': 'EMP800', 'primer sequence': 'cccttggggttatcattggggctcactcaaaggcggtaatcagataaaaaaaatccttag', 'notes': 'Fw Gibson primer on pEM103 to extract IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'length': '60', 'construct number': '17'}
{'part number': '2', 'direction': 're primer', 'name': 'EMP801', 'primer sequence': 'agccgatgattaattgtcaacagctcatttcagaatatttgccagaaccgttatgatgtc', 'notes': 'Re Gibson primer on pEM103 to extract IncW backbone and TpR resistance and lacIq', 'length': '60', 'construct number': '17'}
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問題はcsv.DictReader、リストではなく反復子であるオブジェクトを反復処理していることです。

両者の違いは、反復子では「最初に戻る」ことができないことです。内側のループのすべてのステップprimer_list、最後に中断したところからの反復。

すべてのアイテムを複数回反復できるようにしたい場合、および十分なメモリがある場合は、それらをリストに保存します。

primers_list = list(csv.DictReader(primers))

メモリ使用量を低く抑えたい場合はDictReader、ループ内で毎回最初からオブジェクトを作成できます。withただし、これにより実行時間に多少の (おそらくマイナーな) オーバーヘッドが追加されるため、ステートメントをループに移動してファイルを閉じるように注意する必要があります。

別の方法はprimers.seek(0)、ループ本体の最後で実行して、次の反復でファイルの先頭から読み取りを開始することですが、それが良いハックかどうかはわかりません。

于 2013-01-26T19:42:48.893 に答える