私は dir 構造を持っています。
ディレクトリの場所は「d:\sources\dir」です
/dir
__init__.py
commonlibs/
__init__.py
lib1.py
lib2.py
project1/
__init__.py
prgfile1.py
prgfile2.py
prglib/
__init__.py
prglib1.py
prglib2.py
PYTHONPATH に dir を追加すると、何でも簡単にインポートして Python スクリプトを実行できます。しかし、py2exe から exe を作成すると、「commonlibs」に存在するモジュールのインポート エラーが発生します。これらのモジュールは prglib1 モジュールにインポートされます。他のいくつかのモジュールはインポートされません。
何が欠けているのかわかりませんが、最後にどこからでもインポートしたいので、exeはエラーなしで実行されるはずです。私のexeはWindowsサービスであり、私のプロジェクトには名前付きパイプが実装されています。