なぜこれが起こるのか正確にはわかりませんが、VS2012 で VS2010 SharePoint 2010 プロジェクトを最初に開いた後、他の変更の中で次のノードが .csproj ファイルに追加されたことがわかりました。
<ProjectMode>SharePointCustomization</ProjectMode>
<TargetOfficeVersion>15.0</TargetOfficeVersion>
<FileUpgradeFlags>0</FileUpgradeFlags>
<UpgradeBackupLocation>blah\blah\blah</UpgradeBackupLocation>
<OldToolsVersion>4.0</OldToolsVersion>
csproj ファイルを手動で編集し、次にプロジェクトを開いたときに次の 3 つのノードを削除すると、アップグレード ログが開かれず、問題が解決したことがわかりました。
<FileUpgradeFlags>0</FileUpgradeFlags>
<UpgradeBackupLocation>blah\blah\blah</UpgradeBackupLocation>
<OldToolsVersion>4.0</OldToolsVersion>