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次のデータをggplot2でプロットし、投稿を参照しているグループごとに3次多項式の線を追加しました。r データのggplotに3次多項式とその方程式を追加します。

>lai.se1    
    DOS DAS N   LAI sd  se  ci
    D1  31  24  1.5879167   0.42763230  0.08729008  0.18057328
    D1  84  24  4.3241667   0.32478644  0.06629675  0.13714529
    D1  113 24  3.7037500   0.34151596  0.06971165  0.14420954
    D1  132 24  2.9704167   0.33386380  0.06814966  0.14097832
    D1  160 24  0.1879167   0.09868611  0.02014422  0.04167149
    D2  35  24  1.7679167   0.18551876  0.03786886  0.07833770
    D2  82  24  3.7670833   0.38212767  0.07800148  0.16135836
    D2  108 24  3.4104167   0.31431747  0.06415978  0.13272463
    D2  126 24  2.7879167   0.35024189  0.07149283  0.14789418
    D2  146 24  0.1950000   0.08836682  0.01803780  0.03731404
    D3  37  24  1.3179167   0.16378616  0.03343271  0.06916083
    D3  83  24  3.5233333   0.29256982  0.05972057  0.12354140
    D3  94  24  3.1604167   0.28257326  0.05768002  0.11932022
    D3  113 24  2.4587500   0.44131535  0.09008312  0.18635113
    D3  134 24  0.2758333   0.09536733  0.01946677  0.04027009

p<-ggplot(lai.se1, aes(x=DAS, y=LAI, colour=DOS)) + 
  geom_errorbar(aes(ymin=LAI-sd, ymax=LAI+sd), colour ="black", size =.3, width=1,
                position=position_dodge(.9)) +
  geom_point(size=1, shape=21, fill=FALSE)+ theme_bw()
p + stat_smooth(method="lm", se=TRUE, fill=NA,             ## to add polynomial lines
                formula=y ~ poly(x, 3, raw=TRUE))

プロット： ここに画像の説明を入力してください

## Add equation in the plot
lm_eqn = function(lai.se1){
  m=lm(y ~ poly(x, 3), lai.se1)#3rd degree polynomial
  eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,
                   list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
                        b = format(coef(m)[2], digits = 2),
                        r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
  as.character(as.expression(eq))
}


p + annotate("text", x=0.5, y=15000, label=lm_eqn(lai.se1), hjust=0, size=8, 
             family="Times", face="italic", parse=TRUE)


Error:
Error in model.frame.default(formula = y ~ poly(x, 3), data = lai.se1,  : 
  variable lengths differ (found for 'poly(x, 3)')

しかし、上記のリンクされた投稿に記載されている同様の関数を使用して方程式を配置しようとすると、可変長のエラーが発生しました。私はrで新しい関数を書くのがあまり得意ではなく、それを解決するためにあなたの助けが必要です。助けてください。

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1 に答える 1

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2つのことを除いて、コードは正しいです。

  • まず、関数lm_eqn関数はとが何であるかを理解していませyんx。したがって、lai.se1次のように対応する列名を渡す必要があります。

    lm_eqn = function(lai.se1){
    m=lm(LAI ~ poly(DAS, 3), lai.se1) #3rd degree polynomial
    eq <- substitute(italic(LAI) == a + b %.% italic(DAS)*","~~italic(r)^2~"="~r2, 
             list(a = format(coef(m)[1], digits = 2), 
             b = format(coef(m)[2], digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
             as.character(as.expression(eq))
}

  • stat_smooth2）順序を少し逆にする必要があります（annotateプロットにジオメトリを追加するためです。それ以外の場合、stat_smooth出力は）に置き換えられますannotate：

    p <- ggplot(lai.se1, aes(x = DAS, y = LAI, colour = DOS))
p <- p + geom_errorbar(aes(ymin = LAI-sd, ymax = LAI+sd), 
         colour = "black", size = .3, width = 1, 
         position = position_dodge(.9)) 
p <- p + stat_smooth(method = "lm", se = TRUE, fill = NA, 
         formula = y ~ poly(x, 3, raw = TRUE))   
p <- p + geom_point(size = 1, shape = 21, fill = FALSE) + theme_bw()
p + annotate("text", x=0.5, y=7.5, label=lm_eqn(lai.se1), hjust=0, size=8, 
             family="Times", face="italic", parse=TRUE)
p

編集： OPのコメントの後に提案された解決策。これはどう？

require(plyr)
lm_eqn = daply(lai.se1, .(DOS), function(w) {
    m = lm(LAI ~ poly(DAS, 3), w)
    eq <- substitute(italic(LAI) == a + b %.% italic(DAS)*","~~italic(r)^2~"="~r2, 
             list(a = format(coef(m)[1], digits = 2), 
             b = format(coef(m)[2], digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
             as.character(as.expression(eq))
    })


p <- ggplot(lai.se1, aes(x = DAS, y = LAI, colour = DOS))
p <- p + geom_errorbar(aes(ymin = LAI-sd, ymax = LAI+sd), 
         colour = "black", size = .3, width = 1, 
         position = position_dodge(.9)) 
p <- p + stat_smooth(method = "lm", se = TRUE, fill = NA, 
         formula = y ~ poly(x, 3, raw = TRUE))   
p <- p + geom_point(size = 1, shape = 21, fill = FALSE) + theme_bw()
p <- p + annotate("text", x=0.5, y=5.5, label=lm_eqn[1], hjust=0, size=8, 
             family="Times", face="italic", parse=TRUE)
p <- p + annotate("text", x=0.5, y=6.5, label=lm_eqn[2], hjust=0, size=8, 
             family="Times", face="italic", parse=TRUE)
p <- p + annotate("text", x=0.5, y=7.5, label=lm_eqn[3], hjust=0, size=8, 
             family="Times", face="italic", parse=TRUE)
p

基本的に、すべての方程式を生成し、それを何度も注釈を付けます（さらにある場合は、おそらくそれらをループすることができます...）

ggplot2_edit2

于 2013-01-29T15:04:32.987 に答える