ここで説明されている google-perftools (gperftools の libprofiler.so ) の CPU Profiler を使用したい: http://gperftools.googlecode.com/svn/trunk/doc/cpuprofile.html
私のセットアップでは、プロファイリングするプログラムを数回実行して (最大 1500 回、実行ごとに異なります)、すべての実行 (または実行の一部のサブセット) からの pprof 出力を単一の pprof ファイルに結合します。
これどうやってするの？
PS: 私のプログラムは共有ライブラリをほとんど使用しないため、単一のバイナリ (elf) ファイルのみが分析されます。
PPS: Chris のおかげで、pprof は複数のプロファイルを使用できます。
pprof ./program first.pprof.out second.pprof.out ...