Entity Framework 4.0 のコードが最初で、C# 4.0 です。コードでis not nullの何が問題になっていますか?
var query = from c in dbContext.table
where c.FacilityID == facilityID && c.FilePath is Not null select c;
編集:
追加後の多くのエラーは null ではありません。
それらの1つは次のとおりです。
型または名前空間名 'Not' が見つかりませんでした (using ディレクティブまたはアセンブリ参照がありませんか?)