配列で乱数が生成された後、配列をソートするのに問題があります。すべての番号が割り当てられる前に、配列がソートされていると思います。メインのforループ内にも別のforループをネストしようとしましたが、同じ結果になるか、乱数の無限ループが発生します。
public static void main(String[] args) {
int[] anArray;
anArray = new int[10000];
Random generator= new Random();
for(int i=0; i<10000; i++){
anArray [i]= (generator.nextInt(98)+1);
java.util.Arrays.sort(anArray);
System.out.println(anArray[i];
}
}