グラフの視覚化に最適なツールは、おそらく GraphViz です: http://www.graphviz.org/
それは基本的にあなたがしたいことは何でもすることができます(理にかなった範囲内で)。ツールボックス内で使用して、グラフィカルなレイアウトを行います。また、グラフのレイアウトを行うためにホイールを再発明したくない場合に、きれいなプロットを作成するために使用します (これは、特に大きなグラフの場合は簡単ではありません)。
GraphViz を MATLAB に組み込むための Google プロジェクトがここにあります: http://code.google.com/p/graphviz4matlab/
使っていませんが、美味しそうです。これは GPL の下でリリースされているため、それが懸念される場合は、私が取り組んでいるツールボックス: http://www.newfolderconsulting.com/prt/では、グラフ視覚化ツールのサポートが非常に限られています。例えば
prtPath('alpha');
connMat = [0 1 1 1 1 0; 1 0 1 0 1 0; 1 1 0 0 0 0; 1 0 0 0 0 0; 1 1 0 0 0 0; 0 0 1 0 0 0];
nodeNames = {'pete','kenny','sam','wiki','samantha','elena'};
graph = prtDataTypeGraph(connMat,nodeNames);
graph.plot;
title('People (and dogs) Who Worked or Lived Together');
内部的には、GraphViz ツールも使用していますが、Google コード プロジェクトを使用していません。
PRT のグラフ ビジュアライゼーション コードがどれほど「アルファ」であるかを強調してもしきれません。GPL が問題ではない場合、Google Code プロジェクトは非常に優れたソリューションのように見えます。