PHP5.3.10を使用するUbuntuServer12.04でproc_open（）を介してwkhtmltopdfを実行する際に問題が発生しているようです。
Apacheのみで実行している場合に（複数のサーバーで）発生するように見えるのは、プロセスが正常に開かれ、データが書き込まれ、PDFがプロセスのもう一方の端から出力されることです。
ただし、プロキシとしてNginxを使用し、アップストリームサーバーとしてApacheを使用するセットアップで同じコードを実行すると、stdinへのfwrite（）がハングするか、約1200バイトを超えると応答しなくなるように見えます。
静的バイナリバージョン0.10.0-rc2はそれ自体で正常に動作しているようで、アクセスできるすべてのページをレンダリングできるため、ここで問題の原因がわかりません。
編集：AWSボックスのApacheの前に配置したので、Nginxではないようです。それでも機能します。