ソート可能の初期化時に over および change イベントにバインドしようとしていますが、ドラッグ中にマウスを動かすたびに両方がトリガーされているようです。
$( "#sortable1, #sortable2" ).sortable({
change: function (event, ui) {
console.log("change");
},
over: function (event, ui) {
console.log("over");
},
connectWith: ".connectedSortable"
}).disableSelection();
この例 ( http://jsfiddle.net/brandonrose/7mdUN/1/ ) では、ドラッグ中にマウスを動かすたびに、「変更」と「オーバー」がコンソールに記録されます。