私はPythonプログラムに取り組んでおり、各タンパク質配列がコンマで区切られたfasta形式のファイルに保存されている文字列（タンパク質配列）のセットの変異残基と位置の数値コーディングを計算しています。変異している位置と配列を見つけようとしています。
私のfastaファイルは次のとおりです。
MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN
例：
次の図（別のfastaファイルのセットに基づく）は、この背後にあるアルゴリズムを説明しています。この図の最初のボックスは、入力ファイルシーケンスの配置を表しています。最後のボックスは出力ファイルを表します。Pythonのfastaファイルでこれを行うにはどうすればよいですか？
入力ファイルの例：
MTAQDD,MTAQDD,MTSQED,MTAQDD,MKAQHD
positions 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6
protein sequence1 M T A Q D D T A D
protein sequence2 M T A Q D D T A D
protein sequence3 M T S Q E D T S E
protein sequence4 M T A Q D D T A D
protein sequence5 M K A Q H D K A H
PROTEIN SEQUENCE ALIGNMENT DISCARD NON-VARIABLE REGION
positions 2 2 3 3 5 5 5
protein sequence1 T A D
protein sequence2 T A D
protein sequence3 T S E
protein sequence4 T A D
protein sequence5 K A H
変異した残基は列を分離するために分割されます
出力ファイルは次のようになります。
position+residue 2T 2K 3A 3S 5D 5E 5H
sequence1 1 0 1 0 1 0 0
sequence2 1 0 1 0 1 0 0
sequence3 1 0 0 1 0 1 0
sequence4 1 0 1 0 1 0 0
sequence5 0 1 1 0 0 0 1
(RESIDUES ARE CODED 1 IF PRESENT, 0 IF ABSENT)
これが私がそれをやろうとした2つの方法です：
ls= 'MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN'.split(',')
pos = [set(enumerate(x, 1)) for x in ls]
a=set().union(*pos)
alle = sorted(set().union(*pos))
print '\t'.join(str(x) + y for x, y in alle)
for p in pos:
print '\t'.join('1' if key in p else '0' for key in alle)
（ここでは、変異した残基と変異していない残基の列を取得していますが、変異した残基の列のみが必要です）
from pandas import *
data = 'MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN'
df = DataFrame([list(row) for row in data.split(',')])
df = DataFrame({str(col+1)+val:(df[col]==val).apply(int) for col in df.columns for val in set(df[col])})
print df.select(lambda x: not df[x].all(), axis = 1)
（ここでは出力を提供していますが、順番にではありません。つまり、最初に2K、次に2T、次に3Aのようになります。）
これをどのように行うべきですか？