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パッケージとその依存関係をインストールせずに、特定のパッケージの R パッケージの依存関係 (すべての再帰的な依存関係) のリストを取得する簡単な方法はありますか? portupgrade または apt の偽のインストールに似たもの。

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6 に答える 6

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関数の結果を使用できますavailable.packages。たとえば、 にggplot2依存するものを確認するには:

pack <- available.packages()
pack["ggplot2","Depends"]

与える：

[1] "R (>= 2.14), stats, methods"

達成したい内容によっては、Importsフィールドもチェックする必要があることに注意してください。

于 2013-02-01T11:36:32.053 に答える
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これtools::package_dependencies()は最も単純な解決策であり、recursive議論があります（受け入れられた解決策では提供されません）。

CRAN の最初の 200 個のパッケージの再帰的な依存関係を調べる簡単な例:

library(tidyverse)
avail_pks <- available.packages()
deps <- tools::package_dependencies(packages = avail_pks[1:200, "Package"],
                                    recursive = TRUE)

tibble(Package=names(deps),
       data=map(deps, as_tibble)) %>% 
  unnest(data)
#> # A tibble: 7,125 x 2
#>    Package value         
#>    <chr>   <chr>         
#>  1 A3      xtable        
#>  2 A3      pbapply       
#>  3 A3      parallel      
#>  4 A3      stats         
#>  5 A3      utils         
#>  6 aaSEA   DT            
#>  7 aaSEA   networkD3     
#>  8 aaSEA   shiny         
#>  9 aaSEA   shinydashboard
#> 10 aaSEA   magrittr      
#> # … with 7,115 more rows

reprex パッケージ(v0.3.0)により 2020-12-04 に作成

于 2020-12-04T21:08:51.103 に答える
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私は R をインストールしていません。会社で使用するために要求されている R パッケージのリストにどの R パッケージが依存しているかを調べる必要がありました。

ファイル内の R パッケージのリストを反復処理し、依存関係を再帰的に検出する bash スクリプトを作成しました。

このスクリプトは、rinput_orig.txtという名前のファイルを入力として使用します (以下の例)。スクリプトは、作業中にrinput.txtという名前のファイルを作成します。

スクリプトは次のファイルを作成します。

  • rdepsfound.txt - 依存している R パッケージを含む、検出された依存関係を一覧表示します (以下の例)。
  • routput.txt - すべての R パッケージを (元のリストと依存関係のリストから) ライセンスと CRAN URL と共に一覧表示します (以下の例)。
  • r404.txt - curl を試みたときに 404 を受け取った R パッケージのリスト。これは、元のリストにタイプミスがある場合に便利です。

バッシュスクリプト:

#!/bin/bash

# CLEANUP
rm routput.txt
rm rdepsfound.txt
rm r404.txt

# COPY ORIGINAL INPUT TO WORKING INPUT
cp rinput_orig.txt rinput.txt

IFS=","
while read PACKAGE; do
    echo Processing $PACKAGE...

    PACKAGEURL="http://cran.r-project.org/web/packages/${PACKAGE}/index.html"

    if [ `curl -o /dev/null --silent --head --write-out '%{http_code}\n' ${PACKAGEURL}` != 404 ]; then
        # GET LICENSE INFO OF PACKAGE
        LICENSEINFO=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "License:" | grep -v "License:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}' | sed "s/|/,/g" | sed "s/+/,/g")
        for x in ${LICENSEINFO[*]}
        do
            # SAVE LICENSE
            LICENSE=$(echo ${x} | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}')
            break
        done

        # WRITE PACKAGE AND LICENSE TO OUTPUT FILE
        echo $PACKAGE $LICENSE $PACKAGEURL >> routput.txt

        # GET DEPENDENCIES OF PACKAGE
        DEPS=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "Depends:" | grep -v "Depends:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}')
        for x in ${DEPS[*]}
        do
            FOUNDDEP=$(echo "${x}" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}' | sed "s/<\/span>//g")
            if [ "$FOUNDDEP" != "" ]; then
                echo Found dependency $FOUNDDEP for $PACKAGE...
                grep $FOUNDDEP rinput.txt > /dev/null
                if [ "$?" = "0" ]; then
                    echo $FOUNDDEP already exists in package list...
                else
                    echo Adding $FOUNDDEP to package list...
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY BACK TO INPUT LIST
                    echo $FOUNDDEP >> rinput.txt
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY TO DEPENDENCY LIST FOR EASY VIEWING OF ALL FOUND DEPENDENCIES
                    echo $FOUNDDEP is a dependency of $PACKAGE >> rdepsfound.txt
                fi
            fi
        done
    else
        echo Skipping $PACKAGE because 404 was received...
        echo $PACKAGE $PACKAGEURL >> r404.txt
    fi

done < rinput.txt
echo -e "\nRESULT:"
sort -u routput.txt

例 rinput_orig.txt:

shiny
rmarkdown
xtable
RODBC
RJDBC
XLConnect
openxlsx
xlsx
Rcpp

スクリプト実行時のコンソール出力の例:

Processing shiny...
Processing rmarkdown...
Processing xtable...
Processing RODBC...
Processing RJDBC...
Found dependency DBI for RJDBC...
Adding DBI to package list...
Found dependency rJava for RJDBC...
Adding rJava to package list...
Processing XLConnect...
Found dependency XLConnectJars for XLConnect...
Adding XLConnectJars to package list...
Processing openxlsx...
Processing xlsx...
Found dependency rJava for xlsx...
rJava already exists in package list...
Found dependency xlsxjars for xlsx...
Adding xlsxjars to package list...
Processing Rcpp...
Processing DBI...
Processing rJava...
Processing XLConnectJars...
Processing xlsxjars...
Found dependency rJava for xlsxjars...
rJava already exists in package list...

rdepsfound.txt の例:

DBI is a dependency of RJDBC
rJava is a dependency of RJDBC
XLConnectJars is a dependency of XLConnect
xlsxjars is a dependency of xlsx

例 routput.txt:

shiny GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
rmarkdown GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/index.html
xtable GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
RODBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
RJDBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/index.html
XLConnect GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnect/index.html
openxlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/index.html
xlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsx/index.html
Rcpp GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html
DBI LGPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/DBI/index.html
rJava GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/index.html
XLConnectJars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnectJars/index.html
xlsxjars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsxjars/index.html

これが誰かに役立つことを願っています！

于 2015-09-03T16:55:45.337 に答える