以下のコードを使用して、相関行列を作成しました。以下のコードは、処理に関係なく、すべてのデータの行列を作成するだけです。しかし、私のデータの列は治療です。2つの異なるマトリックス（各治療タイプに1つ）を作成したいと思います。私の治療は、6列目の「治療」のカテゴリ値です。10列目から44列目までの行列を作成したいと思います。
correlations <- cor(Plants[,c(10:44)], use="pairwise.complete.obs", method="pearson")
correlations<-as.matrix(correlations)
治療カテゴリが2つしかない場合は、レベルごとに2つの個別の分析を行うことができます（特定のレベルのデータのみを選択します）。Treatment1名前とTreatment2実際のトリートメントの名前を置き換えるだけです。
kor1<-cor(Plants[Plants$Treat=="Treatment1",c(10:44)], use="pairwise.complete.obs", method="pearson")
kor2<-cor(Plants[Plants$Treat=="Treatment2",c(10:44)], use="pairwise.complete.obs", method="pearson")
byデータのさまざまなサブセットに関数を適用するために使用できます。
by(Plants[10:44], Plants["Treat"],
cor, use = "pairwise.complete.obs", method = "pearson")