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私は GenomicRanges を使用して、ある実験の転写物が他の実験の転写物と重複するものを見つけています。

head(to_ranges1)
   knowngene  chr strand Start    Gene
1 uc001aaa.3  chr1    +  9873 16409   DDX11L1
2 uc001aac.4  chr1    - 12361 31370  WASH7P
3 uc001aae.4  chr1    - 12361 21759  WASH7P
library(GenomicRanges)
object_one<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene,Gene=Gene)
object_two<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene, Gene=Gene))
mm<-findOverlaps(object_one,object_two)
solution <- data.frame(as.data.frame(object_one[as.matrix(mm)[,1],]),
                       as.data.frame(object_two[as.matrix(mm)[,2],]))

私が見つけようとしているのは、ソリューション データ フレーム内のヒット間の重複セグメントの幅ですが、取得できる唯一の幅は、重複手順の前の元のトランスクリプトに関連しています。

助けていただけませんか？

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ranges関数を hits class( results of ) に適用できますfindOverlaps。range は、Ranges オブジェクトのクエリとサブジェクトの範囲の共通部分を保持する Ranges を返します。

再現可能な例を提供していないため、ここに例を示します。

query <- IRanges(c(1, 4, 9), c(5, 7, 10))
subject <- IRanges(c(2, 2, 10), c(2, 3, 12))
mm <- findOverlaps(query,subject)
ranges(mm,query,subject)
Ranges of length 3
    start end width
[1]     2   2     1
[2]     2   3     2
[3]    10  10     1
于 2013-02-04T11:49:33.380 に答える