私はSBTプラグインを書いています。このプラグインでは、結果の jar 内の resources ディレクトリにファイルを追加する必要があります。
ソースディレクトリから何も変更したくありません（そうしないと、ユーザー/開発者は、自分が担当するディレクトリにファイルが表示される理由を理解できない可能性があります）、生成されたjar内のみです。
リソースディレクトリに対応するターゲットにフォルダがありますか?
これは "package" コマンドで行われているように見えるので、package コマンドをオーバーライドできれば、やりたいことができるかもしれません。