Applesのドキュメントを読んで、以下の情報を取得しました。NSMetadataUbiquitousItemIsDownloadedKey値は、アイテムの現在のバージョンがダウンロードされ、ローカルで利用可能かどうかを示すブール値を含むNSNumberオブジェクトです。
つまり、iPhoneAとiPhoneBの2つのデバイスがあり、file1という名前の共通ファイルが1つあるとすると、両方のデバイスにfile1のiCloudバージョンがあるとすると、NSMetadataUbiquitousItemIsDownloadedKeyは両方のデバイスのfile1に対して1になります。
次に、iPhoneBでfile1を変更し、iCloudにアップロードしたので、iPhoneAでアプリケーションを実行してiCloud同期を開始すると、file1のNSMetadataUbiquitousItemIsDownloadedKeyの値はどうなりますか。