私はバイオプロジェクトに取り組んでいます。分子に関する情報を含む (タンパク質データ バンク) ファイルがあります
。.pdb
.pdbファイル内の分子の以下を調べたい:
.pdbこれを見つける際にファイルを処理できるPythonのモジュールはありますか?
そうでない場合は、どうすれば同じことができるか教えてください。
sequtilsandのようなモジュールをいくつか見つけましprotienparamたが、それらはそのようなことをしません。
最初に調査してから投稿したので、反対票を投じないでください。
なぜそうしたのかについてまだ反対票を投じる場合は、コメントしてください。
前もって感謝します。
PDBfile は、解析ライブラリを使用して簡単に解析できるXMLファイルも出力しますPDBMLxml
http://pdbml.pdb.org/
pdbファイルには、ほとんど何でも含めることができます。多くのプロジェクトでは、それらを解析できます。生物学およびpdbファイルに固有のものもあれば、それほど具体的ではないものもありますが、より多くのことを実行できます（計算のセットアップ、距離、角度の測定など）。
これらのプロジェクトがたくさんあるので、あなたは反対票を投じたと思います。あなただけがそれを望んでいるわけではないので、あなたのニーズに完全に合った何かが存在する可能性は本当に高いです。
そうは言っても、この特定のニーズのためにpdbファイルを解析したいだけの場合は、自分でそれを実行してください。
これは、10分未満で書かれた短いスクリプトで行うことができます（反対票を投じる他の理由）。
それがあなたのニーズに合っているかどうかはわかりませんが、Biopythonが役に立ちそうです。