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私はバイオプロジェクトに取り組んでいます。分子に関する情報を含む (タンパク質データ バンク) ファイルがあります
。.pdb

.pdbファイル内の分子の以下を調べたい:

  1. 分子量。
  2. H結合供与体。
  3. H結合アクセプター。
  4. LogP.
  5. 屈折率。

.pdbこれを見つける際にファイルを処理できるPythonのモジュールはありますか?
そうでない場合は、どうすれば同じことができるか教えてください。

sequtilsandのようなモジュールをいくつか見つけましprotienparamたが、それらはそのようなことをしません。
最初に調査してから投稿したので、反対票を投じないでください。
なぜそうしたのかについてまだ反対票を投じる場合は、コメントしてください。

前もって感謝します。

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3 に答える 3

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PDBfile は、解析ライブラリを使用して簡単に解析できるXMLファイルも出力しますPDBMLxml

http://pdbml.pdb.org/
于 2013-02-13T02:12:48.667 に答える
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pdbファイルには、ほとんど何でも含めることができます。多くのプロジェクトでは、それらを解析できます。生物学およびpdbファイルに固有のものもあれば、それほど具体的ではないものもありますが、より多くのことを実行できます（計算のセットアップ、距離、角度の測定など）。

これらのプロジェクトがたくさんあるので、あなたは反対票を投じたと思います。あなただけがそれを望んでいるわけではないので、あなたのニーズに完全に合った何かが存在する可能性は本当に高いです。

そうは言っても、この特定のニーズのためにpdbファイルを解析したいだけの場合は、自分でそれを実行してください。

  • テキストエディタでファイルを開きます。
  • 関連するデータがどこにあるかを特定します（キーワードなど）。
  • ファイルを開いてキーワードを探すPython関数を作成します。
  • ファイルから図を抽出します。
  • 終わり。

これは、10分未満で書かれた短いスクリプトで行うことができます（反対票を投じる他の理由）。

于 2013-02-06T09:51:57.850 に答える
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それがあなたのニーズに合っているかどうかはわかりませんが、Biopythonが役に立ちそうです。

于 2013-02-06T09:43:09.373 に答える