分 %M が追加されるように、変数を変更する必要があります。私は sed コマンドを知っており、期待どおりに機能しています。
# cat mysed.txt
myfirstfile="comany$mydb`date +'%d-%b-%Y-%H'`.sql"
# sed -i 's/\%H/\%H-\%M/' mysed.txt
# cat mysed.txt
myfirstfile="company$mydb`date +'%d-%b-%Y-%H-%M'`.sql"
しかし、同じ sed コマンドを再度実行すると、次のように %M が再度追加されます。
# sed -i 's/\%H/\%H-\%M/' mysed.txt
# cat mysed.txt
myfirstfile="company$mydb`date +'%d-%b-%Y-%H-%M-%M'`.sql"
sed コマンドが (誤って) 2 回実行された場合でも、分 %M を 1 回だけ追加する sed コマンドが必要です。