r - 「非対称」ペアワイズ距離行列

Question

比較するシーケンスがa、b、cの3つであるとします。従来、結果として得られる3行3列のペアワイズ距離行列は対称であり、aからbまでの距離がbからaまでの距離に等しいことを示しています。

TraMineRが非対称のペアワイズ距離行列を生成する方法を提供するかどうか疑問に思っています。

Answer 1

いいえ、TraMineRは、Patのコメントで強調されている理由により、「非対称」の非類似性を正確に生成しません。

シーケンス間のペアワイズ非類似度を計算する主な関心は、そのような非類似度が得られると、たとえば次のことができるようになることです。

• シーケンス間の不一致を測定し、近傍を決定し、メドイドを見つけ、...
• クラスターアルゴリズム、自己組織化マップ、MDS、...を実行します。
• シーケンスのANOVAのような分析を行います
• シーケンスの回帰ツリーを成長させる

これらのプロセスに非対称の非類似度行列を入力すると、おそらく無関係な結果が生成されます。

最適マッチング距離の計算に使用される置換コストが対称でなければならないのは、この対称性の要件のためです。代替コストをある状態から別の状態に切り替えるコストとして解釈するのではなく、それらが何であるか、つまり編集コストについて理解することが重要です。たとえば aabccとの2つのシーケンスを比較する場合、最初のシーケンスまたは2番目のシーケンスでaadcc任意に置き換えることにより、それらを等しくすることができbます。その場合、2つの置換に同じコストを与えないことは意味がありません。ddb

お役に立てれば。