配列にすでに値があるかどうかを確認しようとしています。値が配列に存在しない場合は配列に追加する必要があり、値が既に存在する場合は削除する必要があります。
var selectArr = [];
$('.media-search').mouseenter(function(){
var $this = $(this);
$this.toggleClass('highlight');
}).mouseleave(function(){
var $this = $(this);
$this.toggleClass('highlight');
}).on('click',function(){
var dataid = $(this).data('id');
if(selectArry){ // need to somehow check if value (dataid) exists.
selectArr.push(dataid); // adds the data into the array
}else{
// somehow remove the dataid value if exists in array already
}
});