実際、読み取り専用属性はこの問題を常に再現しているようです(Win Vistaおよび7で複数のテストが実行されました)。興味のある方のために、属性をチェックし、存在する場合は削除する小さなDLLを作成しました。このスレッドポスト(2ページ)に添付されています。DLLは、MSIベースのセットアップを構築する限り、使用している任意のツールで作成されたパッケージで使用できます。
確かに言うことはできませんが、たとえば、削除されたショートカットがインストール後にユーザーによってカスタマイズされた場合、WindowsインストーラーがこのINIファイルを変更すると思います。
いくつかのテストを行い、デスクトップショートカットをインストールして実行するパッケージを作成しました。アンインストールとインストール中に、msiexec.exeが常に「desktop.ini」にアクセスしていることがわかります。次に、パッケージからショートカットを削除し、Process Monitorからログをクリアしてから、新しいインストールとアンインストールのプロセスを実行しました。msiexec.exeがdesktop.iniにアクセスしている痕跡はもう見つかりませんでした。
Windowsインストーラがこのファイルにアクセスする理由についてドキュメントを検索する時間はあまりありませんでしたが、検索しても何も見つかりませんでした。このファイルの属性は変更されていない必要があることを考えると、Microsoftの友人はこれについて公式に何も公開していなかった可能性があります。