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本当に申し訳ありませんが、同じ古いものに問題があります-awkとsed

以下を含む大きなテキストファイルを変換したい：

>hg19_ct_UserTrack_3545_12513 range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC
>hg19_ct_UserTrack_3545_13212 range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT
CCATAAAATAT

などなど

に：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT
CCATAAAATAT

試しましたが、何も機能awk 'NR==1{sub(/^[^ ]* /,"")} 1'してsed -i '1s/\w\+ //'いません。

4

3 に答える 3

1

大なり記号で始まる行の最初の単語を削除したいとします。その場合、次awkのように使用できます。

awk '{sub(/^>[^ ]* /,">")} 1'

制限を削除しNR==1ます。これは、次のブロックが最初の行でのみ実行されることを意味します。>パターンと交換にも含めてください。

出力：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT
CCATAAAATAT
于 2013-02-11T11:04:52.150 に答える
1

を使用する 1 つの方法を次に示しsedます。

sed '/^>/s/[^ ]* />/' file

結果：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT
CCATAAAATAT
于 2013-02-11T12:15:29.917 に答える
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最初のスペースまで、最初のフィールドのみを削除したいようです。あなたはこれを行うことができます：

cut -f2- -d ' '
于 2013-02-11T10:54:09.633 に答える