RでSAM(マイクロアレイの有意性分析)を使用していますが、プログラムを実行すると、sam命令を使用して操作を実行すると停止しました。表示されるメッセージは次のとおりです。
Cluster size 12488 broken into 6032 6456
Cluster size 6032 broken into 2628 3404
Cluster size 2628 broken into 1051 1577
一部のデータセットでは、これらのメッセージが表示されますが、処理はまったく問題なく続行されます。他のプログラムではハングします。R はメッセージを表示しませんが、クラスターが壊れているというメッセージを表示するのは Rstudio です。
私が使用しているサム命令は次のようなものです:
samfit <- SAM(t, numbas, resp.type="Two class unpaired",
nperms=100,
testStatistic=c("standard"),
knn.neighbor=10,
random.seed=1234567,
logged2=TRUE,
genenames=rownames(t))
おそらくRにsamを使用せずに、そのエラーが発生した人はいますか? グーグルで検索しましたが、それについて何も見つかりませんでした
ありがとう