コナミが起動するとsetIntervalが発生するのではなく、ページが読み込まれるとすぐに開始されます。
Konamiは、コナミコマンドをイベントとして使用できるようにするjqueryプラグインです。
それ以外の場合は機能することはわかっていますが、単純なalert()で問題なく機能します。
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$(window).konami(setInterval(function(){
var one = Math.random()/1.2;
var two = Math.random()/1.5;
var three = Math.random()/2;
$("#fire1").animate({
opacity: one
}, { duration: 100, queue: false });
$("#fire2").animate({
opacity: two
}, { duration: 100, queue: false });
$("#fire3").animate({
opacity: three
}, { duration: 100});
}, 100));
});
</script>