私は、MySQLの大手コンサルティングおよびトレーニング会社であるPerconaで働いています。ストレージエンジンのデフォルトの選択肢としてInnoDBをお勧めしますが、MyISAMは、何らかの利点があることを証明できる(つまり、両方のストレージエンジンでアプリをベンチマークすることで証明できる)例外的なシナリオでのみ推奨されます。
InnoDBは、2010年12月のMySQL5.5以降のデフォルトのストレージエンジンになりました。
2013年2月にリリースされたMySQL5.6では、InnoDBが独自のフルテキストインデックスの実装をサポートするようになりました。しかし、大規模な全文検索を必要とするほとんどのサイトでは、SphinxSearchの使用が依然として優れていることがわかります。私のプレゼンテーション全文検索スローダウンも参照してください。
InnoDBには、リストした利点があるだけでなく、多くのベンチマークでMyISAMよりも高速です。何年も前に、人々がMyISAMをより高速なストレージエンジンと考えていたことがあります。しかし、InnoDBは、そのパフォーマンスとスケーラビリティを改善するために多くの作業を受けています。
デフォルトは本番Webサイトでの使用に正確に適していないため、InnoDBでは構成変数の調整にさらに注意を払う必要があります。別のプレゼンテーション、Guide to InnoDB Statusがあります。これは、最も重要なチューニングオプションのいくつかを説明しています。