改行を新しい行に変換できます。ただし、問題は、ほぼ「リアルタイム」で実行することです。プログレス バーの値だけが 0 と 100 の場合、見た目が非常にばかげています :-)
このコードはすぐに出力を返します。
import subprocess
p = subprocess.Popen(['mplayer', '/home/user/sample.mkv'], stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]
for line in p.splitlines():
if line.strip():
print line