java - ImageJ - プラグインを使用して 2 つの画像の重心をリンクする矢印を描画する

Question

そこで私は自分の仕事のために小さなプロジェクトを行っています。そこでは、核の 1 つとゴルジ体の 1 つの 2 つの画像を取得し、2 つの重心を端点として矢印でリンクする必要があります。私はしばらくの間頭を悩ませてきました。これが私のプラグインの Java のソースです。どうやらいくつかのエラーがあり、私はJavaとimagejの両方に慣れていないので、ご容赦ください...よろしくお願いします...

そのため、測定値が大きな配列に読み取られると、ゴルジ体ごとに最も近い対応する核を見つけ、それらをリンクするという考えがありました. これを行うために、配列を設定し、その配列で最小距離を見つけてから、他の人のプラグインで見つけた方法を使用して描画を進めました。

結果ウィンドウには、画像のスタックの 2 つの別々の列に x 座標と y 座標が表示され、そのうちの 1 つは約 1000 個の青い核と 500 個の赤いゴルジ体であり、最後の列はスタック内の位置です。

問題が何であるかはよくわかりません...画像プロセッサへの画像の描画がどのように行われるか理解していません...いくつかのチュートリアルを読んでいますが、比較的混乱しています...

import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*; 
import java.awt.*;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collections;
import ij.plugin.*;
import ij.plugin.filter.*;
import ij.measure.*;

public class CentroidFinder_ implements PlugInFilter {
     protected ImageStack cellstack;
     ImagePlus[] cellImages = cellstack.getImageArray();
     ImagePlus arrowImage = arrowImage.createImage("ArrayFile", 1600,1200,1);

     ResultsTable rt = Analyzer.getResultsTable();
     public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
    cellstack = imp.getStack();

    this.imp = imp;
    return STACK_REQUIRED;
 }

public void run(ImageProcessor ip) 
{
    int[] blueCentroidsX = {};
    int[] blueCentroidsY = {};
    int[] redCentroidsX = {};
    int[] redCentroidsY = {};
    int xColumnIndex = rt.getColumnHeading("X");
    int yColumnIndex = rt.getColumnHeading("Y");
    int sliceNumberIndex = rt.getColumnHeading("Slice");


    float[] sliceCategoryPerRow = (rt.getColumn(sliceNumberIndex));

    for (int counter = 0; counter < sliceCategoryPerRow.Length; counter++)
    {
        if (sliceCategoryPerRow[counter] == 1)
        {
            blueCentroidsX[counter] = (int)(rt.getValueAsDouble(xColumnIndex, counter)); //This might be a source of error
            blueCentroidsY[counter] = (int)(rt.getValue(yColumnIndex, counter));
        }
        if (sliceCategoryPerRow[counter] == 2)
        {
            redCentroidsX[counter] = (int)rt.getValue(xColumnIndex, counter); //This might be a source of error
            redCentroidsY[counter] = (int)rt.getValue(yColumnIndex, counter);
        }
    }
    if ((blueCentroidsX.length + redCentroidsX.length) =! sliceCategoryPerRow.length)
    {
        error ("Error Message", "Something is wrong with the columns");
    }

    boolean blueIsBigger = true;

    if (blueCentroidsX.length < redCentroids.length)
        blueIsBigger = false;

    int[][] startingArrow = {};
    int[][] endingArrow = {};
    int[][] tempDistance = {};
    int counterTag;
    float[] distanceList = {};
    for (int j = 0; j < redCentroidsX.length; j++)
    {
        for (int k = 0; k < blueCentroidsX.length; k++)
        {
            tempDistance = distance (redCentroidsX[j], redCentroidsY[j], 
                                   blueCentroidsX[k], blueCentroidsY[k]);
            if (throwAwayDistance (tempDistance))
                continue;
            distanceList = distanceList.addAll({tempDistance, k});
        }
        if (distanceList.length == 0)
        {
            break;
        }
        counterTag = 0; 
        for (int l = 1; l < distanceList.length; l++)
        {
            if ((distanceList[l][0] < distanceList[l-1][0]))
                counterTag = distanceList[l][1];
        }
        startingArrow = startingArrow.addAll(({(int)blueCentroidsX[counterTag],
                                         (int)blueCentroidsY[counterTag])});
        endingArrow = add(endingArrow, {(int)redCentroidsX[j], int()redCentroidsY[j]});
    }
    if ((startingArrow.length != endingArrow.length)
        error ("Error Message", "Something has caused there not to be equal coordinates");

    for (int m = 0; m < startingArrow.length; m++)
    {
        for (int n = 0; n <endingArrow.length; n++)
        {
            drawArrow (imp, startingArrow[m][0], startingArrow[m][0],
                        endingArrow[n][0], endingArrow[n][1], 1)
        }
    }



stack.addSlice(arrowImage);

public void drawArrow(ImageProcessor ip, int x1, int y1, int x2, int y2, double size) 
{
    double dx = x2-x1;
    double dy = y2-y1;
    double ra = java.lang.Math.sqrt(dx*dx + dy*dy);
    dx /= ra;
    dy /= ra;
    int x3 = (int)Math.round(x2-dx*size);
    int y3 = (int)Math.round(y2-dy*size);
    double r = 0.3*size;
    int x4 = (int)Math.round(x3+dy*r);
    int y4 = (int)Math.round(y3-dx*r);
    int x5 = (int)Math.round(x3-dy*r);
    int y5 = (int)Math.round(y3+dx*r);
    ip.moveTo(x1, y1); ip.lineTo(x2, y2);
    ip.moveTo(x4,y4); ip.lineTo(x2,y2); ip.lineTo(x5,y5);
}
//Mathematical Functions:

public boolean throwAwayDistance (float distance)
{
    if (distance >= 25.0)
        return true;
    else return false;
}

public float distance (x1,y1,x2,y2)
{
    int length;
    return length = (((x1-x2)^2 + (y1-y2)^2)^(.5));
}   

}

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