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差次的に発現する遺伝子をランク付けして取得するためのBioconductorRankProductパッケージに精通している人はいないでしょうか。ソフトウェアに関するいくつかの情報は、次の紙、マニュアル、ドキュメントです。

プログラムの使用中に問題が発生しました。おそらくR言語の知識がほとんどないためです。上記のPDFファイルの手順を自分のデータで複製しようとしました。私自身のデータセットは例のようにafffy.celファイルにはありませんでしたが、タブ区切りファイルの行と列としてのみありました。私には2つの条件があります（それぞれ1と2、複製= 4）

これが私のコードです：

library(RankProd)
library(preprocessCore)

#Read expression data
#gdata <- read.table(file="data2.txt", sep="\t", header=T) #9000 rows of genes X 8 columns of chips
gdata <- read.table(file="data2.txt", sep="\t", header=T, row.names=1) #9000 rows of genes X 8 columns of chips

#colnames(gdata)

# This vector contains the microarray sample names
SampleNames= names(data.frame(gdata[,-1]))
#names(datExpr)=gdata[,1]

# This vector contains the gene names
datExpr.gnames= gdata$GeneName

# Since the first column contains the gene names, exclude it.
# dataExp is then the matix required
datExpr=data.frame(gdata[,-1])

#convert data into matrix form
datExpr <- as.matrix(datExpr)

#data normalization - quantile normalization
#datExpr.log.norm <- normalize.quantiles((log2(datExpr)),copy=TRUE) #with logged data
datExpr <- datExpr.log.norm
#datExpr.norm <- normalize.quantiles(datExpr,copy=TRUE) #without logged data
#datExpr <- datExpr.norm


# Identify two class data - control/treatment (or condition 1/condition2)
nl <- 4
n2 <- 4
cl <- rep(c(0,1), c(nl, n2))

datExpr.cl <- cl

# data were generated under identical or very similar conditions except the
# factor of interest (e.g., control and treatment),
origin <- rep(1, nl + n2)

datExpr.origin <- origin

# Data anslysis
datExpr.sub <- datExpr[,which(datExpr.origin == 1)]
datExpr.cl.sub <- datExpr.cl[which(datExpr.origin == 1)]
datExpr.origin.sub <- datExpr.origin[which(datExpr.origin == 1)]

#Rank product analysis and output
#RP.out <- RP(datExpr.sub, datExpr.cl.sub, num.perm = 100, logged = TRUE,na.rm = FALSE,    plot = FALSE, rand = 123)

RP.out <- RPadvance(datExpr.sub, datExpr.cl.sub, datExpr.origin.sub, num.perm = 100,logged = TRUE,
                na.rm = FALSE, gene.names = datExpr.gnames, plot = FALSE,rand = 123)



# Output a table of the identified genes based on user-specified selection criteria
topGene(RP.out, cutoff = 0.05, method = "pfp", logged = TRUE,logbase = 2, gene.names = datExpr.gnames)

私はコードを実行しましたが、一方の条件と他方の条件で差次的に発現する遺伝子の倍率変化は、0または無限大のいずれかでした。このプログラムの経験がある人なら誰でも助けてくれるのではないかと思います。

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一見すると、私が注意することは、

#datExpr.log.norm <- normalize.quantiles((log2(datExpr)),copy=TRUE) #with logged data
datExpr <- datExpr.log.norm

ここで、最初の行がコメントアウトされている限り、datExpr は空になります。

于 2013-02-14T08:40:08.530 に答える